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万見
- PDB-3g0e: KIT kinase domain in complex with sunitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0e
タイトルKIT kinase domain in complex with sunitinib
要素Mast/stem cell growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KIT Kinase domain / Sutent binding / drug resistance (薬剤耐性) / ATP-binding / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / erythropoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Kit signaling pathway / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / immature B cell differentiation / melanocyte differentiation / lymphoid progenitor cell differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / 顔料 / lamellipodium assembly / tongue development / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / stem cell population maintenance / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / 造血 / T cell differentiation / spermatid development / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SH2 domain binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell chemotaxis / B cell differentiation / 赤血球形成 / acrosomal vesicle / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / epithelial cell proliferation / 細胞分化 / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / 受容体型チロシンキナーゼ / cytoplasmic side of plasma membrane / 核小体 / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / 精子形成 / protein tyrosine kinase activity / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / 炎症
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B49 / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Wu, J.C. / Lunney, E.A. / Gemetri, G.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: KIT kinase mutants show unique mechanisms of drug resistance to imatinib and sunitinib in gastrointestinal stromal tumor patients.
著者: Gajiwala, K.S. / Wu, J.C. / Christensen, J. / Deshmukh, G.D. / Diehl, W. / DiNitto, J.P. / English, J.M. / Greig, M.J. / He, Y.A. / Jacques, S.L. / Lunney, E.A. / McTigue, M. / Molina, D. / ...著者: Gajiwala, K.S. / Wu, J.C. / Christensen, J. / Deshmukh, G.D. / Diehl, W. / DiNitto, J.P. / English, J.M. / Greig, M.J. / He, Y.A. / Jacques, S.L. / Lunney, E.A. / McTigue, M. / Molina, D. / Quenzer, T. / Wells, P.A. / Yu, X. / Zhang, Y. / Zou, A. / Emmett, M.R. / Marshall, A.G. / Zhang, H.M. / Demetri, G.D.
履歴
登録2009年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6162
ポリマ－38,2171
非ポリマー3981
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.033, 80.973, 93.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor / SCFR / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Kit / c-kit


分子量: 38217.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain - KID deleted / 変異: 694-753 deleted, replaced with TS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-B49 / N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide / SUNITINIB / スニチニブ / スニチニブ


分子量: 398.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27FN4O2 / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 694-753 DELETED, REPLACED WITH TS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Reservoir: 10% PEG6000, 0.1 M bicine, pH 9; Protein: 6.6 mg/ml in 0.25M NaCl, 25mM Tris, pH 7.5, 1mM EDTA, 0.5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 48722 / Num. obs: 48589 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 4803 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T45

1t45


解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2364 -Random
Rwork0.2 ---
all0.201 48531 --
obs0.201 47162 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 22 316 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.78823
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00378
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.59
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 331 -
Rwork0.211 --
obs-7149 93.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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