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- PDB-3fyd: Crystal Structure of Dim1 from the thermophilic archeon, Methanoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyd
タイトルCrystal Structure of Dim1 from the thermophilic archeon, Methanocaldococcus jannaschi
要素Probable dimethyladenosine transferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / dimethyladenosine transferase / rossmann fold (ロスマンフォールド) / rRNA methylase / ribosomal assembly (リボソーム) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / RNA-binding / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Scarsdale, J.N. / Musayev, F.N. / Rife, J.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional divergence within the Dim1/KsgA family of rRNA methyltransferases.
著者: Pulicherla, N. / Pogorzala, L.A. / Xu, Z. / O Farrell, H.C. / Musayev, F.N. / Scarsdale, J.N. / Sia, E.A. / Culver, G.M. / Rife, J.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of KsgA, a universally conserved rRNA adenine dimethyltransferase in Escherichia coli.
著者: O'Farrell, H.C. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable dimethyladenosine transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7966
ポリマ－30,3161
非ポリマー4805
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.236, 65.906, 61.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Probable dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase


分子量: 30316.139 Da / 分子数: 1 / 変異: K137A, E138A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: ksgA, MJ1029 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q58435, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 8000 (14-16%), 25 mM MES, 50 MM NH2SO4, 7 mM MgCl2, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月3日 / 詳細: Rigaku Varimax Confocal Optics
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→33.1 Å / Num. all: 31119 / Num. obs: 29365 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 7.06 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.98 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3079 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX+ REFMAC 5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: composite model consisting of monomers from pdb entries 1QYR, 2H1R and 1ZQ9

1qyr

2h1r

1zq9


解像度: 1.75→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.061 / SU ML: 0.087
Isotropic thermal model: TLS for each domain + individual residual isotropic B-factors
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Structure was initially refined with cartesian annealing with phenix.refine followed by refinement with refmac.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22643 2926 10 %RANDOM
Rwork0.17624 ---
obs0.18126 26413 94.37 %-
all-31106 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.42 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.257 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 25 333 2535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0110.0222244
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.1331.9773051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg5.6795282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg32.70825.481104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg14.47515409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg14.768159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.090.2342
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0050.021686
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined0.1970.21118
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined0.3040.21593
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined0.1270.2273
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined0.1880.233
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined0.1330.228
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it4.04141425
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it4.8762232
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it8.0448930
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it9.58410819
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 215 -
Rwork0.225 1861 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4543-0.40910.80331.0627-0.00441.3465-0.03590.20540.1293-0.20630.009-0.0688-0.07430.00540.0269-0.1397-0.02980.0385-0.16010.0092-0.147818.489921.08121.5406
23.81281.44891.13544.20621.34312.71560.0749-0.26250.0730.4196-0.0692-0.03460.0348-0.0968-0.0057-0.14730.02030.0132-0.13680.0083-0.169841.898623.878246.3464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2A192 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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