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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fuu | ||||||
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タイトル | T. thermophilus 16S rRNA A1518 and A1519 methyltransferase (KsgA) in complex with Adenosine in space group P212121 | ||||||
要素 | Dimethyladenosine transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / dimethyltransferase / dual-specific methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase / translation (翻訳 (生物学)) / Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / RNA-binding / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Structural rearrangements in the active site of the Thermus thermophilus 16S rRNA methyltransferase KsgA in a binary complex with 5'-methylthioadenosine. 著者: Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fuu.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fuu.ent.gz | 55.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fuu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fuu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29908.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: ksgA, TTHA0083 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star 参照: UniProt: Q5SM60, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 7.5 詳細: 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 100 mM HEPES (pH 7.5) and 30% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550, microbatch technique under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD 詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→25 Å / Num. obs: 41095 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4080 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.53→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.127 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.07 Å2 / Biso mean: 25.428 Å2 / Biso min: 14.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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