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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3frm | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a functionally unknown conserved protein from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228. | ||||||
要素 | uncharacterized conserved protein | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / APC61048 / conserved protein / Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a functionally unknown conserved protein from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228. 著者: Tan, K. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3frm.cif.gz | 314.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3frm.ent.gz | 269.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3frm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3frm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/3frm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | EXPERIMENTALLY UNKNOWN. IT IS PREDICTED THAT THE CHAINS A AND B, AND C AND D FORM PSEUDO 2-FOLD DIMERS RESPECTIVELY. THE CHAINS E AND F SEEM TO BE MONOMERIC. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29798.752 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_1855, Staphylococcus epidermidis / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8CRE9, UniProt: A0A0H2VHN1*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Acetate, 2.5M NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→42 Å / Num. all: 76418 / Num. obs: 76418 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique all: 3866 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 19.537 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.447 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→41.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.322→2.382 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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