PDB-3fky: Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fky

タイトル

Crystal structure of the glutamine synthetase Gln1deltaN18 from the yeast Saccharomyces cerevisiae

要素

Glutamine synthetase

グルタミンシンテターゼ

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / BETA-GRASP /

CATALYTIC DOMAIN /

Acetylation (アセチル化) /

Cytoplasm (細胞質) / Ubl conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / Glutamate and glutamine metabolism /

グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process /

glutamine synthetase activity / cellular response to osmotic stress / nuclear periphery /

ATP binding /

細胞核 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

He, Y.X. / Gui, L. / Liu, Y.Z. / Du, Y. / Zhou, Y.Y. / Li, P. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae glutamine synthetase Gln1 suggests a nanotube-like supramolecular assembly
著者: He, Y.X. / Gui, L. / Liu, Y.Z. / Du, Y. / Zhou, Y. / Li, P. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2008年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fky.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fky.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ojwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7at1-1 1acm-1 4bax-d 1at1-1 2a0f-1 2at1-1 4kh1-1 1f1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (12) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#30 - 2002年6月
グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase)
類似性 (12)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

G: Glutamine synthetase

H: Glutamine synthetase

I: Glutamine synthetase

J: Glutamine synthetase

K: Glutamine synthetase

L: Glutamine synthetase

M: Glutamine synthetase

N: Glutamine synthetase

O: Glutamine synthetase

P: Glutamine synthetase

Q: Glutamine synthetase

R: Glutamine synthetase

S: Glutamine synthetase

T: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

839 kDa, 20 ポリマー
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1

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

G: Glutamine synthetase

H: Glutamine synthetase

I: Glutamine synthetase

J: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
419 kDa, 10 ポリマー
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2

K: Glutamine synthetase

L: Glutamine synthetase

M: Glutamine synthetase

N: Glutamine synthetase

O: Glutamine synthetase

P: Glutamine synthetase

Q: Glutamine synthetase

R: Glutamine synthetase

S: Glutamine synthetase

T: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
419 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.650, 129.940, 135.610
Angle α, β, γ (deg.)	93.46, 104.61, 104.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	HIS	HIS	A	A	21 - 70	21 - 70
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	73 - 292	73 - 292
1	3	SER	SER	GLU	GLU	A	A	301 - 366	301 - 366
2	1	ARG	ARG	HIS	HIS	B	B	21 - 70	21 - 70
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	73 - 292	73 - 292
2	3	SER	SER	GLU	GLU	B	B	301 - 366	301 - 366
3	1	ARG	ARG	HIS	HIS	C	C	21 - 70	21 - 70
3	2	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	73 - 292	73 - 292
3	3	SER	SER	GLU	GLU	C	C	301 - 366	301 - 366
4	1	ARG	ARG	HIS	HIS	D	D	21 - 70	21 - 70
4	2	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	73 - 292	73 - 292
4	3	SER	SER	GLU	GLU	D	D	301 - 366	301 - 366
5	1	ARG	ARG	HIS	HIS	E	E	21 - 70	21 - 70
5	2	ASP	ASP	ARG	ARG	E	E	73 - 292	73 - 292
5	3	SER	SER	GLU	GLU	E	E	301 - 366	301 - 366
6	1	ARG	ARG	HIS	HIS	F	F	21 - 70	21 - 70
6	2	ASP	ASP	ARG	ARG	F	F	73 - 292	73 - 292
6	3	SER	SER	GLU	GLU	F	F	301 - 366	301 - 366
7	1	ARG	ARG	HIS	HIS	G	G	21 - 70	21 - 70
7	2	ASP	ASP	ARG	ARG	G	G	73 - 292	73 - 292
7	3	SER	SER	GLU	GLU	G	G	301 - 366	301 - 366
8	1	ARG	ARG	HIS	HIS	H	H	21 - 70	21 - 70
8	2	ASP	ASP	ARG	ARG	H	H	73 - 292	73 - 292
8	3	SER	SER	GLU	GLU	H	H	301 - 366	301 - 366
9	1	ARG	ARG	HIS	HIS	I	I	21 - 70	21 - 70
9	2	ASP	ASP	ARG	ARG	I	I	73 - 292	73 - 292
9	3	SER	SER	GLU	GLU	I	I	301 - 366	301 - 366
10	1	ARG	ARG	HIS	HIS	J	J	21 - 70	21 - 70
10	2	ASP	ASP	ARG	ARG	J	J	73 - 292	73 - 292
10	3	SER	SER	GLU	GLU	J	J	301 - 366	301 - 366
11	1	ARG	ARG	HIS	HIS	K	K	21 - 70	21 - 70
11	2	ASP	ASP	ARG	ARG	K	K	73 - 292	73 - 292
11	3	SER	SER	GLU	GLU	K	K	301 - 366	301 - 366
12	1	ARG	ARG	HIS	HIS	L	L	21 - 70	21 - 70
12	2	ASP	ASP	ARG	ARG	L	L	73 - 292	73 - 292
12	3	SER	SER	GLU	GLU	L	L	301 - 366	301 - 366
13	1	ARG	ARG	HIS	HIS	M	M	21 - 70	21 - 70
13	2	ASP	ASP	ARG	ARG	M	M	73 - 292	73 - 292
13	3	SER	SER	GLU	GLU	M	M	301 - 366	301 - 366
14	1	ARG	ARG	HIS	HIS	N	N	21 - 70	21 - 70
14	2	ASP	ASP	ARG	ARG	N	N	73 - 292	73 - 292
14	3	SER	SER	GLU	GLU	N	N	301 - 366	301 - 366
15	1	ARG	ARG	HIS	HIS	O	O	21 - 70	21 - 70
15	2	ASP	ASP	ARG	ARG	O	O	73 - 292	73 - 292
15	3	SER	SER	GLU	GLU	O	O	301 - 366	301 - 366
16	1	ARG	ARG	HIS	HIS	P	P	21 - 70	21 - 70
16	2	ASP	ASP	ARG	ARG	P	P	73 - 292	73 - 292
16	3	SER	SER	GLU	GLU	P	P	301 - 366	301 - 366
17	1	ARG	ARG	HIS	HIS	Q	Q	21 - 70	21 - 70
17	2	ASP	ASP	ARG	ARG	Q	Q	73 - 292	73 - 292
17	3	SER	SER	GLU	GLU	Q	Q	301 - 366	301 - 366
18	1	ARG	ARG	HIS	HIS	R	R	21 - 70	21 - 70
18	2	ASP	ASP	ARG	ARG	R	R	73 - 292	73 - 292
18	3	SER	SER	GLU	GLU	R	R	301 - 366	301 - 366
19	1	ARG	ARG	HIS	HIS	S	S	21 - 70	21 - 70
19	2	ASP	ASP	ARG	ARG	S	S	73 - 292	73 - 292
19	3	SER	SER	GLU	GLU	S	S	301 - 366	301 - 366
20	1	ARG	ARG	HIS	HIS	T	T	21 - 70	21 - 70
20	2	ASP	ASP	ARG	ARG	T	T	73 - 292	73 - 292
20	3	SER	SER	GLU	GLU	T	T	301 - 366	301 - 366

#1: タンパク質	Glutamine synthetase / グルタミンシンテターゼ / GS / Glutamate--ammonia ligase 分子量: 41759.863 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: GLN1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P32288, グルタミンシンテターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸分子量: 189.100 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
配列の詳細	THESE SEQUENCE APPEARES IN REFERENCE 2 IN UNP DATABASE, P32288.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M sodium citrate, 8% polyethylene glycol 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→65.25 Å / Num. obs: 163752 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 48.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 23325 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OJW

2ojw

解像度: 2.95→65.218 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU ML: 0.47 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	6055	2.02 %	RANDOM
R_work	0.225	293890	-	-
obs	0.226	163752	87.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.96 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.1 Å² / B_iso mean: 47.505 Å² / B_iso min: 9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.313 Å²	2.906 Å²	-2.991 Å²
2-	-	-7.23 Å²	-3.638 Å²
3-	-	-	6.918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→65.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53258	0	260	0	53518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	54939
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	74295
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	7387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	9828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.149	19753

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	3	C	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	4	D	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	5	E	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	7	G	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	8	H	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	9	I	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	10	J	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	11	K	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	12	L	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	13	M	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	14	N	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	15	O	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	16	P	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	17	Q	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	18	R	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	19	S	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	20	T	2661	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.95-2.984	0.366	179	0.35	8746	8925	78
2.984-3.019	0.404	168	0.33	8794	8962	78
3.019-3.055	0.343	238	0.319	8866	9104	80
3.055-3.094	0.357	183	0.31	8945	9128	79
3.094-3.135	0.329	169	0.308	9259	9428	82
3.135-3.178	0.376	162	0.297	9211	9373	82
3.178-3.223	0.26	188	0.276	9355	9543	83
3.223-3.271	0.311	210	0.283	9312	9522	84
3.271-3.322	0.313	211	0.278	9579	9790	84
3.322-3.377	0.284	225	0.26	9642	9867	86
3.377-3.435	0.292	174	0.262	9670	9844	86
3.435-3.497	0.308	188	0.271	9755	9943	87
3.497-3.565	0.33	194	0.253	9841	10035	87
3.565-3.638	0.304	179	0.23	9787	9966	87
3.638-3.717	0.262	183	0.23	9952	10135	88
3.717-3.803	0.269	213	0.228	9905	10118	88
3.803-3.898	0.243	230	0.213	9940	10170	89
3.898-4.004	0.227	200	0.208	9991	10191	89
4.004-4.121	0.227	213	0.194	10022	10235	89
4.121-4.254	0.211	238	0.197	9983	10221	89
4.254-4.406	0.231	199	0.188	10101	10300	90
4.406-4.583	0.196	196	0.179	10141	10337	90
4.583-4.791	0.205	197	0.175	10182	10379	90
4.791-5.044	0.238	235	0.171	10212	10447	91
5.044-5.36	0.217	215	0.17	10344	10559	91
5.36-5.773	0.176	196	0.169	10280	10476	92
5.773-6.354	0.22	226	0.193	10347	10573	92
6.354-7.272	0.232	213	0.199	10514	10727	93
7.272-9.158	0.202	261	0.176	10546	10807	94
9.158-65.234	0.245	172	0.238	10668	10840	95

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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