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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fiv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE COMPLEXED WITH A SUBSTRATE | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / RETROVIRAL PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Schalk-Hihi, C. / Lubkowski, J. / Zdanov, A. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor. 著者: Laco, G.S. / Schalk-Hihi, C. / Lubkowski, J. / Morris, G. / Zdanov, A. / Olson, A. / Elder, J.H. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structure of an Inhibitor Complex of the Proteinase from Feline Immunodeficiency Virus 著者: Wlodawer, A. / Gustchina, A. / Reshetnikova, L. / Lubkowski, J. / Zdanov, A. / Hui, K.Y. / Angleton, E.L. / Farmerie, W.G. / Goodenow, M.M. / Bhatt, D. / Zhang, L. / Dunn, B.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fiv.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fiv.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/3fiv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13280.297 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P16088, HIV-1 retropepsin #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE INHIBITOR ACE-ALN-VAL-LEU-ALA-GLU-ALN-NH2 IS DISORDERED. IT APPEARS IN TWO ORIENTATIONS (CHAINS ...THE INHIBITOR ACE-ALN-VAL-LEU-ALA-GLU-ALN-NH2 IS DISORDERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH=5.6. PROTEIN CONCENTRATION, 5.0 MG/ML. CRYSTALLIZATION METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 40465 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.32 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.65 % / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 60.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17411 / Num. measured all: 40465 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FIV 解像度: 1.85→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 3 詳細: HUBER AND ENGH PARAMETERS WERE USED IN THE REFINEMENT. FOR NON-STANDARD RESIDUES (CYO, ALN, NAM, ACE, SO4) LIBRARIES BASED ON EXISTING PARAMETERS WERE CREATED BY SIMILARITY. THE X-RAY DATA ...詳細: HUBER AND ENGH PARAMETERS WERE USED IN THE REFINEMENT. FOR NON-STANDARD RESIDUES (CYO, ALN, NAM, ACE, SO4) LIBRARIES BASED ON EXISTING PARAMETERS WERE CREATED BY SIMILARITY. THE X-RAY DATA ARE COMPATIBLE WITH THE SPACE GROUP P31 2 1. THE LOWER SYMMETRY SPACE GROUP WAS UTILIZED IN REFINEMENT FOR TECHNICAL REASONS. THE CHAINS A AND B (AND I AND J) ARE THUS RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, EQUIVALENT TO TWO-FOLD AXIS DIFFERENTIATING THE TWO SPACE GROUPS. THE Z VALUE IS GIVEN ON THE ASSUMPTION OF IDENTITY OF CHAINS A AND B.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1.35 Å2 / Rms dev position: 0.005 Å / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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