- PDB-3fhl: Crystal structure of a putative oxidoreductase from bacteroides f... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhl
タイトル
Crystal structure of a putative oxidoreductase from bacteroides fragilis nctc 9343
要素
Putative oxidoreductase酸化還元酵素
キーワード
OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NAD-BINDING DOMAIN / PSI-2 / NYSGXRC / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 138748 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.18 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 95.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.2.0019
精密化
DENZO
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.545 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21503
4098
3 %
RANDOM
Rwork
0.18601
-
-
-
obs
0.1869
131517
99.51 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK