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- PDB-3fgx: Structure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stea... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fgx | ||||||
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Title | Structure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stearothermophilus | ||||||
![]() | RBSTP2171 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | rbstp2171 / rbstp2171 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Uncharacterised Protein Rbstp2171 from Bacillus Stearothermophilus Authors: Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 48.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 35 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain: (Details: A B) NCS domain segments: Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 112 / Label seq-ID: 9 - 112
|
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Components
#1: Protein | Mass: 13008.776 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.17 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES sodium salt, 2% PEG 400, 2.0 M Ammonium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 28, 2007 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.9→89.09 Å / Num. all: 5778 / Num. obs: 5778 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.43 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→89.09 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1312 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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