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- PDB-3ffx: Crystal Structure of CheY triple mutant F14E, N59R, E89H complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffx
タイトルCrystal Structure of CheY triple mutant F14E, N59R, E89H complexed with BeF3- and Mn2+
要素Chemotaxis protein cheY走化性
キーワードSIGNALING PROTEIN / Response Regulator / Receiver Domain / BeF3 / Two-Component Signal Transduction / Chemotaxis (走化性) / Flagellar rotation / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Pazy, Y. / Collins, E.J. / Bourret, R.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Matching Biochemical Reaction Kinetics to the Timescales of Life: Structural Determinants That Influence the Autodephosphorylation Rate of Response Regulator Proteins.
著者: Pazy, Y. / Wollish, A.C. / Thomas, S.A. / Miller, P.J. / Collins, E.J. / Bourret, R.B. / Silversmith, R.E.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY
B: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,02114
ポリマ－28,0302
非ポリマー99112
水6,269348
1
A: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6058
ポリマ－14,0151
非ポリマー5897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chemotaxis protein cheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4166
ポリマ－14,0151
非ポリマー4015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.564, 53.408, 161.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY / 走化性


分子量: 14015.200 Da / 分子数: 2 / 変異: F14E, N59R, E89H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1882, cheY, JW1871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KO641recA / 参照: UniProt: P0AE67

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Tris buffer, Ammonium Sulfate, Glycerol, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→30.97 Å / Num. obs: 31825 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.522 / Net I/σ(I): 24.951
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.01-2.084.60.42731250.901199.7
2.08-2.174.70.31931501.019199.8
2.17-2.264.70.24831001.113199.8
2.26-2.384.70.20531421.169199.9
2.38-2.534.70.16931611.263199.8
2.53-2.734.70.13931541.3931100
2.73-34.70.10331991.6851100
3-3.444.70.07231842.123199.9
3.44-4.334.70.05332352.483199.9
4.33-504.60.0433751.989198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.01→30.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 2.64 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1607 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 31770 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.66 Å2 / Biso mean: 28.524 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→30.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1962 0 55 348 2365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5462.0032828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02233570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0465272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9632588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16615402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.8651513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0950.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0351.51713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.5536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20422083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2753903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4054.5739
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 117 -
Rwork0.211 2185 -
all-2302 -
obs--98.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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