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- PDB-3fdb: Crystal structure of a putative plp-dependent beta-cystathionase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdb
タイトルCrystal structure of a putative plp-dependent beta-cystathionase (aecd, dip1736) from corynebacterium diphtheriae at 1.99 A resolution
要素putative PLP-dependent beta-cystathionase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Plp-dependent transferase-like fold / structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / hydrolase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative PLP-dependent beta-cystathionase (NP_940074.1) from CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE at 1.99 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative PLP-dependent beta-cystathionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,13416
ポリマ－42,3761
非ポリマー75915
水7,764431
1
A: putative PLP-dependent beta-cystathionase
ヘテロ分子

A: putative PLP-dependent beta-cystathionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,26932
ポリマ－84,7512
非ポリマー1,51830
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area9020 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.180, 69.180, 215.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-378-

CL

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要素

#1: タンパク質 putative PLP-dependent beta-cystathionase / Beta C-S lyase


分子量: 42375.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: aecD, DIP1736, NP_940074.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q6NFZ9, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2000M MgCl2, 10.0000% PEG-3000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97934,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月3日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979341
30.979221
反射解像度: 1.99→29.961 Å / Num. obs: 47285 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.512 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.77
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.91-1.980.731.5259549056198.5
1.98-2.060.4962.1255478870198.5
2.06-2.150.3572.9244078463198.4
2.15-2.260.2514.1248838628199
2.26-2.410.1695.8272379419199.2
2.41-2.590.1277.6248978581199.3
2.59-2.850.08511.2259478939199.5
2.85-3.260.05416.9258528902199.5
3.26-4.10.03525257778906199.3
4.1-29.9610.02729.9263259039199.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→29.961 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 5.231 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.SODIUM ION, ETHYLENE GLYCOL MOLECULES AND CHLORIDE IONS FROM CRYSTALLIZATION AND CRYOPROTECTANT ARE MODELED INTO THISSTRUCTURE, RESPECTIVELY. 5.ONE PLP MOLECULE FROM PROTEIN EXPRESSION ARE MODELED IN THIS STRUCTURE WITH CLEAR ELECTRON DENSITY SUPPORT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 2140 5.1 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 41858 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.45 Å2 / Biso mean: 43.667 Å2 / Biso min: 17.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å21.14 Å20 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----3.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→29.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 0 42 431 3423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223138
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9484277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96735069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.655392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31523.931145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.18515464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8911517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.3672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.32188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.51581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.51435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.5526
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1980.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57931931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.483771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.52553120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.01581260
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.027111157
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 129 -
Rwork0.221 2899 -
all-3028 -
obs--98.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2433 Å / Origin y: 33.2793 Å / Origin z: 18.824 Å
111213212223313233
T-0.0893 Å2-0.0499 Å20.0319 Å2--0.0802 Å2-0.0141 Å2---0.0647 Å2
L0.4085 °20.1468 °2-0.076 °2-0.6188 °20.0426 °2--1.1808 °2
S-0.0128 Å °0.0069 Å °-0.0026 Å °-0.0614 Å °0.0366 Å °-0.0029 Å °-0.0633 Å °0.1023 Å °-0.0239 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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