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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fcy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Acetyl Xylan Esterase 1 from Thermoanaerobacterium sp. JW/SL YS485 | ||||||
要素 | Xylan esterase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase / carbohydrate esterase / CE7 / Thermoanaerobacterium sp. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoanaerobacterium sp. 'JW/SL YS485' (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Krastanova, I. / Cassetta, A. / Lamba, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure Analysis of Acetyl Xylan Esterase 1 from Thermoanaerobacterium sp. JW/SL YS485 著者: Krastanova, I. / Cassetta, A. / Wiegel, J. / Lamba, D. #1: ジャーナル: APPL.ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 1995 タイトル: Purification and Characterization of Two Thermostable Acetyl Xylan Esterases from Thermoanaerobacterium sp. Strain JW/SL-YS485 著者: Shao, W. / Wiegel, J. #2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1997 タイトル: Isolation, Analysis, and Expression of Two Genes from Thermoanaerobacterium sp. Strain JW/SL YS485: a beta-Xylosidase and a Novel Acetyl Xylan Esterase with Cephalosporin C Deacetylase Activity 著者: Lorenz, W.W. / Wiegel, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fcy.cif.gz | 205.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fcy.ent.gz | 162.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fcy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3fvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39371.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium sp. 'JW/SL YS485' (バクテリア) 株: JW/SL YS485 / 遺伝子: axe1 / プラスミド: modified pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) 参照: UniProt: O30361, アセチルキシランエステラーゼ, セファロスポリンCデアセチラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 14% PEG 400, 0.1M calcium chloride, 0.05M sodium HEPES, pH 7.5, microbatch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 66742 / Num. obs: 66742 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3296 / Χ2: 0.972 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3FVR 解像度: 2.1→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 53.972 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.24 Å2 / Biso mean: 28 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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