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- PDB-3f7t: Structure of active IspH shows a novel fold with a [3Fe-4S] clust... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7t
タイトルStructure of active IspH shows a novel fold with a [3Fe-4S] cluster in the catalytic centre
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / pseudo-C3-symmetry / unprecedent fold for FeS-cluster proteins / Iron (鉄) / Iron-sulfur (鉄硫黄タンパク質) / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / PROTEIN BINDING (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸レダクターゼ / LytB protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / リン酸塩 / PYROPHOSPHATE 2- / 4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸レダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Graewert, T. / Eppinger, J. / Rohdich, F. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Structure of active IspH enzyme from Escherichia coli provides mechanistic insights into substrate reduction.
著者: Grawert, T. / Rohdich, F. / Span, I. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Eppinger, J. / Groll, M.
履歴
登録2008年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,14914
ポリマ－72,4462
非ポリマー1,70312
水7,710428
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0757
ポリマ－36,2231
非ポリマー8526
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0757
ポリマ－36,2231
非ポリマー8526
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.470, 83.470, 215.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 310 / Label seq-ID: 13 - 322

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Asymmetric unit contains two biological assemblies; IspH protein is monomeric

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / 4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸レダクターゼ


分子量: 36223.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytosolic protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0029, ispH, JW0027, lytB, yaaE / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P62623, 4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸レダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6 M Potassium Phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0,1.7368
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: SILICON OPTICS
放射モノクロメーター: double bounce Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.73681
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 78209 / Num. obs: 78209 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 10654 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.419 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23823 3898 5 %RANDOM
Rwork0.19898 ---
all0.2 78122 --
obs0.201 74151 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4780 0 72 428 5280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.9776658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7295618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.37524.159226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61915854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5691544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3540.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23372
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.53155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46824970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72731925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3774.51682
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2390 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.395
loose thermal1.7310
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 206 -
Rwork0.326 4143 -
obs--73.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26010.1268-0.10910.72220.1781.5288-0.04790.0504-0.0929-0.02430.07880.04290.13230.112-0.0309-0.0684-0.0255-0.0086-0.05830.0228-0.08140.88-38.79655.975
20.3889-0.1264-0.24111.37880.31982.43560.10340.02430.07680.00520.066-0.0037-0.27780.1707-0.1694-0.075-0.01360.0593-0.06060.0013-0.048158.31-12.95950.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 31013 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 31013 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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