PDB-3f6n: Crystal structure of the virion-associated protein P3 from Caulim...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f6n

タイトル

Crystal structure of the virion-associated protein P3 from Caulimovirus

要素

Virion-associated protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

COILED-COIL (コイルドコイル) /

TETRAMER (四量体) / DNA-binding /

Virion (ウイルス)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell plasmodesma /

virion component /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cauliflower mosaic virus (カリフラワーモザイクウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Hoh, F. / Uzest, M. / Blanc, S. / Dumas, C.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the molecular mechanisms of cauliflower mosaic virus transmission by its insect vector.
著者: Hoh, F. / Uzest, M. / Drucker, M. / Plisson-Chastang, C. / Bron, P. / Blanc, S. / Dumas, C.

履歴

登録	2008年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f6n.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f6n.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4tC 1t6fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ztb-1 6wjk-d 6ual-d 2ztb-2 1sfc-3 5afo-2 3k4t-d 1sfc-2 3zjx-4 5fn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Virion-associated protein

B: Virion-associated protein

C: Virion-associated protein

D: Virion-associated protein

56.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.943, 104.943, 72.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	SER	SER	4	A	A	3 - 34	3 - 34
2	1	ASN	ASN	SER	SER	4	B	B	3 - 34	3 - 34
3	1	ASN	ASN	SER	SER	4	C	C	3 - 34	3 - 34
4	1	ASN	ASN	SER	SER	4	D	D	3 - 34	3 - 34
1	2	GLN	GLN	LYS	LYS	4	A	A	35 - 48	35 - 48
2	2	GLN	GLN	LYS	LYS	4	B	B	35 - 48	35 - 48
3	2	GLN	GLN	LYS	LYS	4	C	C	35 - 48	35 - 48
4	2	GLN	GLN	LYS	LYS	4	D	D	35 - 48	35 - 48
1	3	ILE	ILE	ASN	ASN	4	A	A	49 - 63	49 - 63
2	3	ILE	ILE	ASN	ASN	4	B	B	49 - 63	49 - 63
3	3	ILE	ILE	ASN	ASN	4	C	C	49 - 63	49 - 63
4	3	ILE	ILE	ASN	ASN	4	D	D	49 - 63	49 - 63
1	4	LYS	LYS	ALA	ALA	5	A	A	64 - 69	64 - 69
2	4	LYS	LYS	ALA	ALA	5	B	B	64 - 69	64 - 69
3	4	LYS	LYS	ALA	ALA	5	C	C	64 - 69	64 - 69
4	4	LYS	LYS	ALA	ALA	5	D	D	64 - 69	64 - 69

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Virion-associated protein / virion associated protein P3 / Vap / DNA-binding protein 分子量: 14168.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cauliflower mosaic virus (STRAIN STRASBOURG) (カリフラワーモザイクウイルス) 株: Strasbourg / 遺伝子: ORF III, ORF-3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P03551
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Virion-associated protein / virion associated protein P3 / Vap / DNA-binding protein

分子量: 14168.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cauliflower mosaic virus (STRAIN STRASBOURG) (カリフラワーモザイクウイルス)
株: Strasbourg / 遺伝子: ORF III, ORF-3 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P03551

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 1000, 0.1M MES-NaOH buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 8377 / Num. obs: 8369 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 90.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1228 / R_sym value: 0.46 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0053	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T6F

1t6f

解像度: 3.1→20.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 47.511 / SU ML: 0.373 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	918	11 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
all	0.231	8338	-	-
obs	0.229	8336	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.64 Å² / B_iso mean: 36.293 Å² / B_iso min: 16.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.765 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2203	0	0	1	2204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.037	2.016	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.797	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.421	30	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.87	15	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.199	1.5	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.437	2	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.883	3	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.655	4.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	247	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
1	2	B	247	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
1	3	C	247	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	4	D	247	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
1	1	A	247	MEDIUM THERMAL	0.29	2
1	2	B	247	MEDIUM THERMAL	0.3	2
1	3	C	247	MEDIUM THERMAL	0.32	2
1	4	D	247	MEDIUM THERMAL	0.27	2
2	1	A	106	MEDIUM POSITIONAL	0.56	0.5
2	2	B	106	MEDIUM POSITIONAL	0.54	0.5
2	3	C	106	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
2	4	D	106	MEDIUM POSITIONAL	0.64	0.5
2	1	A	106	MEDIUM THERMAL	0.33	2
2	2	B	106	MEDIUM THERMAL	0.19	2
2	3	C	106	MEDIUM THERMAL	0.16	2
2	4	D	106	MEDIUM THERMAL	0.2	2
3	1	A	114	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
3	2	B	114	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	3	C	114	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
3	4	D	114	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
3	1	A	114	MEDIUM THERMAL	0.19	2
3	2	B	114	MEDIUM THERMAL	0.19	2
3	3	C	114	MEDIUM THERMAL	0.15	2
3	4	D	114	MEDIUM THERMAL	0.17	2
4	1	A	24	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
4	2	B	24	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
4	3	C	24	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
4	4	D	24	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
4	1	A	24	LOOSE POSITIONAL	0.68	5
4	2	B	24	LOOSE POSITIONAL	0.76	5
4	3	C	24	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
4	4	D	24	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
4	1	A	24	MEDIUM THERMAL	0.28	2
4	2	B	24	MEDIUM THERMAL	0.19	2
4	3	C	24	MEDIUM THERMAL	0.36	2
4	4	D	24	MEDIUM THERMAL	0.57	2
4	1	A	24	LOOSE THERMAL	0.26
4	2	B	24	LOOSE THERMAL	0.23
4	3	C	24	LOOSE THERMAL	0.26
4	4	D	24	LOOSE THERMAL	0.38

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	72	-
R_work	0.287	543	-
all	-	615	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.1652	-0.1849	-3.2191	0.2571	-0.1928	1.193	-0.1571	0.3152	0.153	0.0098	0.1938	0.057	-0.0722	0.0698	-0.0366	0.319	0.0584	-0.006	0.4478	0.0818	0.0194	-5.002	13.891	25.151
2	14.4659	3.264	-0.4179	0.7507	-0.0234	0.4463	0.0146	-1.4639	0.4091	-0.0239	-0.1969	0.1093	-0.3172	0.5876	0.1824	0.6683	-0.1236	-0.1176	1.0672	0.0716	0.289	24.11	13.974	24.166
3	14.6544	0.5166	1.585	1.19	-0.6851	3.1295	0.2567	-0.198	0.3492	0.1501	-0.0903	0.1837	0.0298	-0.4493	-0.1664	0.3962	-0.0577	-0.029	0.6656	0.0365	0.1467	43.466	13.643	23.707
4	16.9822	2.5234	2.4667	6.6384	0.8797	0.7227	0.3184	1.118	-0.6874	-0.1037	-0.223	0.1406	0.2742	0.0716	-0.0954	0.4252	0.0336	-0.0264	0.6179	0.0923	0.1631	69.262	12.454	22.433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	3 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	32 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	32 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	2	D	32 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	40 - 57
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	40 - 57
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	40 - 57
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	58 - 72
14	X-RAY DIFFRACTION	4	B	58 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	4	C	58 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	58 - 74

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