PDB-3f2w: Crystal structure of the FMn riboswitch bound to FMN, Ba2+ soak.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f2w

タイトル

Crystal structure of the FMn riboswitch bound to FMN, Ba2+ soak.

要素

FMN riboswitch

キーワード

RNA (リボ核酸) / FMN /

riboswitch (リボスイッチ) /

transcription (転写 (生物学)) /

barium (バリウム)

機能・相同性

: /

フラビンモノヌクレオチド /

: /

リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Serganov, A.A. / Huang, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.

履歴

登録	2008年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f2w.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f2w.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/3f2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/3f2w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3f2qSC 3f2tC 3f2xC 3f2yC 3f30C 3f4eC 3f4gC 3f4hC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bfb-d 5c45-d 3f2y-d 3f2x-d 3f2q-d 3f4g-d 6dn2-d 3f2t-d 6dn1-d 3f4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (3)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
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類似性 (2)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (2)
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類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: FMN riboswitch

ヘテロ分子

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.003, 71.003, 139.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: RNA鎖	FMN riboswitch / 分子量: 36451.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: In vitro transcribed RNA from the Fucobacterium nucleatum impX gene 参照: GenBank: 20095250
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES-Na pH 6.5 10% PEG 4000 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MES-Na	1	1
2	PEG4000	1	1
3	MgCl2	1	1
4	MES-Na	1	2
5	PEG4000	1	2
6	MgCl2	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.6 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→20 Å / Num. all: 5754 / Num. obs: 5691 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 3.45→3.57 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 556 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F2Q

3f2q

解像度: 3.45→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 40.683 / SU ML: 0.343 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21738	258	4.6 %	RANDOM
R_work	0.18089	-	-	-
all	0.18249	5449	-	-
obs	0.18249	5385	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.61 Å²	-1.31 Å²	0 Å²
2-	-	-2.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.92 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.343 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2353	54	1	2408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.021	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.043	3	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.16	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.277	0.2	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.206	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.092	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.387	3	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.654	4.5	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.45→3.537 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	21	-
R_work	0.267	359	-
obs	-	380	92.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2031	0.7382	0.8018	1.8652	0.0353	2.0355	0.2089	0.0077	-2.0526	-0.1872	-0.0837	0.5486	0.1837	-0.5945	-0.1252	-0.3727	-0.0408	0.0741	-0.0927	0.0019	0.2934	18.5045	30.366	15.5021
2	10.2192	-1.0334	-0.887	1.8408	-0.9087	5.1677	0.1843	0.5813	-0.7361	-0.2488	-0.3457	-0.2194	-0.1646	0.7462	0.1614	-0.4546	-0.089	0.0964	-0.1044	-0.1393	-0.2734	44.9419	42.4521	9.1412
3	3.2039	2.1977	0.3607	3.364	-2.3347	5.6342	0.1177	-0.4614	-0.0573	0.7761	0.1035	0.4351	-0.5093	-0.614	-0.2212	-0.3856	0.1027	0.1606	-0.1337	-0.0881	-0.3193	17.3495	47.6858	17.4565
4	11.8563	4.8018	-8.7706	5.9221	-1.9035	8.5756	0.1826	-1.9251	-1.1013	1.7363	-0.4489	1.8328	-1.1436	0.2758	0.2662	0.5777	-0.058	0.0441	0.1885	0.356	0.2175	22.1357	33.4764	35.0469
5	8.5759	-2.0587	3.0166	7.3064	-0.9942	3.2946	-0.5811	-0.3266	1.1254	0.8839	0.3549	0.1306	-1.1412	-0.4555	0.2262	-0.0646	0.1187	0.184	-0.3079	-0.1462	-0.3505	22.4772	60.3776	14.7573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	X	85 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	2	X	10 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	3	X	31 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	4	X	49 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	5	X	61 - 84

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)