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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3erj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the peptidyl-tRNA hydrolase AF2095 from Archaeglobus fulgidis. Northeast Structural Genomics Consortium target GR4 | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Cytoplasm (細胞質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Conover, K. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Baran, M.C. ...Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Conover, K. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Baran, M.C. / Liu, J. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the peptidyl-tRNA hydrolase AF2095 from Archaeglobus fulgidis. Northeast Structural Genomics Consortium target GR4 著者: Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Conover, K. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Cooper, B. / Baran, M.C. / Liu, J. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3erj.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3erj.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3erj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3erj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3erj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rlkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13578.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF2095, AF_2095, pth / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: O28185, peptidyl-tRNA hydrolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM Tris (pH 8), 20% PEG3350, 200 mM NaCl, and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15 , VAPOR ...詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM Tris (pH 8), 20% PEG3350, 200 mM NaCl, and 0.5% w/v polyvinylpyrrolidone K15 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97877 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97877 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 38938 / Num. obs: 38783 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 34.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique all: 3798 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.2 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RLK 解像度: 1.8→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 114421.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.7469 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
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