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万見
- PDB-3eci: Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eci
タイトルMicrotubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (MAP1ALC3)
要素Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / UBIQUITIN-LIKE (UB ROLL) / AUTOPHAGY (オートファジー) / CYTOPLASM (細胞質) / CYTOPLASMIC VESICLE / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / MEMBRANE (生体膜) / MICROTUBULE (微小管) / UBL CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / Alternative splicing (選択的スプライシング)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / response to iron(II) ion / オートファゴソーム / オートファジー / Receptor Mediated Mitophagy / p38MAPK cascade / autophagosome membrane ...cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / response to iron(II) ion / オートファゴソーム / オートファジー / Receptor Mediated Mitophagy / p38MAPK cascade / autophagosome membrane / organelle membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / オートファゴソーム / JNK cascade / cellular response to copper ion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / オートファジー / response to lead ion / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / microtubule binding / 微小管 / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Walker, J.R. / Davis, T.L. / Mujib, S. / Butler-Cole, C. / Tempel, W. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Autophagy-Related Protein LC3 A
著者: Walker, J.R. / Davis, T.L. / Mujib, S. / Butler-Cole, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha
B: Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7012
ポリマ－28,7012
非ポリマー00
水0
1
A: Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3511
ポリマ－14,3511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3511
ポリマ－14,3511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.066, 80.066, 37.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

-
要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / MAP1A/MAP1B LC3 A / MAP1A/1B light chain 3 A ...Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / MAP1A/MAP1B LC3 A / MAP1A/1B light chain 3 A / MAP1 light chain 3- like protein 1 / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A


分子量: 14350.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Isoform A (MAPALC3) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3A / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Gold / 参照: UniProt: Q9H492

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 32 % PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.50, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97926 / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. all: 7058 / Num. obs: 7058 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.059
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 682 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UGM

1ugm


解像度: 2.65→28.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 41.44 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 10.469 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30379 397 5.7 %RANDOM
Rwork0.23325 ---
obs0.2371 6602 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 0 0 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9662299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92932665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7465222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73623.11561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55715247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.968159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.18121128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2192436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96831796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2062557
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8693503
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.306 497 -
Rfree-0 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2297-0.01140.34515.5985-0.40034.0550.1552-0.1056-0.38750.1206-0.17980.09590.09820.23840.02450.04950.0211-0.00680.12430.01690.0197-60.397637.907610.63
28.58730.46212.59847.83960.93264.92840.40590.1604-0.28890.2096-0.22541.90230.5986-0.4296-0.18050.4923-0.06660.12360.1591-0.03380.6069-59.01529.90646.0783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1166 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 1166 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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