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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+30 | ||||||
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タイトル | Protein farnesyltransferase complexed with FPP and ethylene diamine inhibitor 4 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / protein farnesyltransferase / FTase / malaria (マラリア) / antimalarial / plasmodium (マラリア原虫) / falciparum / ethylenediamine (エチレンジアミン) / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Hast, M.A. / Beese, L.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Structural basis for binding and selectivity of antimalarial and anticancer ethylenediamine inhibitors to protein farnesyltransferase. 著者: Hast, M.A. / Fletcher, S. / Cummings, C.G. / Pusateri, E.E. / Blaskovich, M.A. / Rivas, K. / Gelb, M.H. / Van Voorhis, W.C. / Sebti, S.M. / Hamilton, A.D. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e30.cif.gz | 172.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e30.ent.gz | 133.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e30 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 4種, 438分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FPP / |
#5: 化合物 | ChemComp-ED4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: ammonium acetate pH 5.7, 12% PEG 8000, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→40.72 Å / Num. obs: 41034 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 76.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.114 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.382 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→40.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.517 Å / Total num. of bins used: 20
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