+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e2x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Rowlett, R.S. / Lee, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase . 著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e2x.cif.gz | 87.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3e2x.ent.gz | 64.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26258.932 Da / 分子数: 2 / 変異: V47A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.974 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→38.322 Å / Num. obs: 14811 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2A8D 解像度: 2.55→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 25.918 / SU ML: 0.263 / SU R Cruickshank DPI: 0.662 / SU Rfree: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.97 Å2 / Biso mean: 48.095 Å2 / Biso min: 31.13 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→33.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|