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- PDB-3e1w: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sod... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e1w | ||||||
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Title | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sodium bicarbonate | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rowlett, R.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase. Authors: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 85.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 64.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3e1vC ![]() 3e24C ![]() 3e28C ![]() 3e2aC ![]() 3e2wC ![]() 2a8dS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 26286.000 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D44N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.84 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 100 mM sodium bicarbonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→72.257 Å / Num. all: 176697 / Num. obs: 18278 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 23.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 2A8D Resolution: 2.6→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 18.794 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / SU Rfree: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.26 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.09 Å2 / Biso mean: 63.128 Å2 / Biso min: 40.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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