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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dxu | ||||||
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タイトル | The crystal structure of core JMJD2D complexed with FE and N-oxalylglycine | ||||||
![]() | JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Z. / Zhang, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Core Jmjd2D 著者: Chen, Z. / Zhang, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38698.707 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6B0I6, ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 374分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OGA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OGA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-OGA / | ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化![]() | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, pH6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 22344 / Num. obs: 20644 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.142 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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