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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dl5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the A287F Active Site Mutant of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase, DHFRジヒドロ葉酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Enzyme active site mutant / Enzyme-ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Vargo, M.A. / Martucci, W.E. / Anderson, K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Explaining an unusually fast parasitic enzyme: folate tail-binding residues dictate substrate positioning and catalysis in Cryptosporidium hominis thymidylate synthase. 著者: Martucci, W.E. / Vargo, M.A. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dl5.cif.gz | 536.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dl5.ent.gz | 442.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dl5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dl5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 60338.613 Da / 分子数: 5 / 変異: A287F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 遺伝子: Chro.40506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q5CGA3, ジヒドロ葉酸レダクターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 465分子
#2: 化合物 | ChemComp-UMP / #3: 化合物 | ChemComp-CB3 / #4: 化合物 | ChemComp-DHF / #5: 化合物 | ChemComp-NDP / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.94 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1mM ammonium sulfate, 0.2mM, lithium sulfate, 0.1mM Tris, 12% PEG-6000, flash frozen in 25% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→45.4 Å / Num. obs: 141384 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.91 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 22312 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QZF 解像度: 2.74→45.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→45.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.74→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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