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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dk0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transthyretin variant L55P at acidic pH | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TTR / AMYLOID FIBRILS (アミロイド) / POINT MUTATION (点突然変異) / Amyloid (アミロイド) / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid (Γ-カルボキシグルタミン酸) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Hormone (ホルモン) / Polyneuropathy (多発性神経炎) / Retinol-binding / Secreted (分泌) / Thyroid hormone (甲状腺ホルモン) / Transport / Vitamin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Cendron, L. / Zanotti, G. / Folli, C. / Berni, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Amyloidogenic potential of transthyretin variants: insights from structural and computational analyses. 著者: Cendron, L. / Trovato, A. / Seno, F. / Folli, C. / Alfieri, B. / Zanotti, G. / Berni, R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Acidic Ph-Induced Conformational Changes in Amyloidogenic Mutant Transthyretin. 著者: Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Alfieri, B. / Cendron, L. / Zanotti, G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: A Comparative Analysis of 23 Structures of the Amyloidogenic Protein Transthyretin. 著者: Eneqvist, T. / Olofsson, A. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dk0.cif.gz | 61 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dk0.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dk0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13761.317 Da / 分子数: 2 / 変異: L55P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02766 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 32% PEG 400, 0.05-0.2M CaCl2, 0.1M NaHepes , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→51.3 Å / Num. all: 19735 / Num. obs: 19735 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2554 / % possible all: 89.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F41 解像度: 1.87→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.867 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→42.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.867→1.916 Å / Total num. of bins used: 20
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