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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dit | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MAD MH2 domain | ||||||
要素 | Protein mothers against dpp | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / MAD / TGF-beta (TGF-β) / MH2 / Cytoplasm (細胞質) / Developmental protein (ヒトの発達) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Ubl conjugation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division ...Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division / compound eye morphogenesis / positive regulation of neuromuscular junction development / follicle cell of egg chamber development / wing disc anterior/posterior pattern formation / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / Ub-specific processing proteases / intestinal stem cell homeostasis / RNA polymerase II transcription repressor complex / ventral cord development / co-SMAD binding / heteromeric SMAD protein complex / imaginal disc-derived wing morphogenesis / germ-line stem cell population maintenance / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, R. / Wu, J.W. / Wang, Z.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Structure of Drosophila Mad MH2 domain. 著者: Hao, R. / Chen, L. / Wu, J.W. / Wang, Z.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dit.cif.gz | 122.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dit.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/3dit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/3dit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1khuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21312.010 Da / 分子数: 3 / 断片: MAD MH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mad, CG12399 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42003 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 % |
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結晶化 | 温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes, 0.35M Na Formate, 2% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 10156 / Num. obs: 10156 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / Num. unique all: 1126 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KHU 解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 29.977 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.521 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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