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- PDB-3d7q: Crystal structure of a xisi-like protein (npun_ar114) from nostoc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d7q | ||||||
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Title | Crystal structure of a xisi-like protein (npun_ar114) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 2.30 A resolution | ||||||
![]() | XisI protein-like![]() | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Site-specific recombination of nitrogen-fixation genes in cyanobacteria by XisF-XisH-XisI complex: Structures and models. Authors: Hwang, W.C. / Golden, J.W. / Pascual, J. / Xu, D. / Cheltsov, A. / Godzik, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 46 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2inbC ![]() 2nlvC ![]() 2nvmC ![]() 2nwvC ![]() 2okfC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 13478.509 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ZP_00106052.1 / Plasmid: SpeedET / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Sequence details | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.97 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.15M lithium sulfate, 26.0% polyethylene glycol 4000, 0.1M TRIS pH 9.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2008 / Details: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.3→28.228 Å / Num. obs: 11187 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 46.112 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...Details: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (4). RESIDUES SER23 AND TYR25 IN SUBUNIT A ARE LOCATED IN POOR DENSITY AND NOT MODELED. (5). UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUE 102 IN SUBUNIT B WAS NOT MODELED.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.396 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→28.228 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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