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万見
- PDB-3d7d: A high resolution crystal structure of human glutamate carboxypep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d7d
タイトルA high resolution crystal structure of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII) in a complex with DCFBD, a urea-based inhibitor
要素Glutamate carboxypeptidase 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / prostate specific membrane antigen / metallopeptidase (金属プロテアーゼ) / folate hydrolase / glutamate carboxypeptidase II / Naaladase / DCFBD / urea-based inhibitor / Carboxypeptidase / Dipeptidase / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Metalloprotease (金属プロテアーゼ) / Multifunctional enzyme / Protease (プロテアーゼ) / Signal-anchor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


C-terminal protein deglutamylation / Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity ...C-terminal protein deglutamylation / Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A ...Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(bba) Sandwich / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FBD / Glutamate carboxypeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Barinka, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Interactions between Human Glutamate Carboxypeptidase II and Urea-Based Inhibitors: Structural Characterization
著者: Barinka, C. / Byun, Y. / Dusich, C.L. / Banerjee, S.R. / Chen, Y. / Castanares, M. / Kozikowski, A.P. / Mease, R.C. / Pomper, M.G. / Lubkowski, J.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,31513
ポリマ－79,8591
非ポリマー3,45612
水11,277626
1
A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子

A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,63126
ポリマ－159,7182
非ポリマー6,91324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area49120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.930, 130.497, 159.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Biological assembly is a dimer. There is one molecule of GCPII in an asymmetric unit. The biological dimer is formed using "-x; 1-y; z" symmetry operator.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamate carboxypeptidase 2 / / Glutamate carboxypeptidase II / Membrane glutamate carboxypeptidase / mGCP / N-acetylated-alpha- ...Glutamate carboxypeptidase II / Membrane glutamate carboxypeptidase / mGCP / N-acetylated-alpha-linked acidic dipeptidase I / NAALADase I / Pteroylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase / Folylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase / FGCP / Folate hydrolase 1 / Prostate-specific membrane antigen / PSMA / PSM


分子量: 79859.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLH1, FOLH, NAALAD1, PSM, PSMA / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q04609, glutamate carboxypeptidase II

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糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 631分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-FBD / N-({(1R)-1-carboxy-2-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]ethyl}carbamoyl)-L-glutamic acid / (S)-2-(3-((R)-1-carboxy-2-(4-fluorobenzylthio)ethyl)ureido)pentanedioic acid


分子量: 402.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19FN2O7S
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 33% (v/v) pentaerythritol propoxylate PO/OH 5/4, 1% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→30 Å / Num. all: 116666 / Num. obs: 116666 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 11057 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2oot

2oot


解像度: 1.69→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.759 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: mixed isotropic/anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19936 1730 1.5 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.17981 114765 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5529 0 218 626 6373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.9988308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3185699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44723.916286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32151023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4641534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.24247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3810.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1781.53609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79325726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74432864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0974.52582
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.13334
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.058323
LS精密化 シェル解像度: 1.692→1.736 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 97 -
Rwork0.255 7376 -
obs--88.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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