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Yorodumi- PDB-3d30: Structure of an expansin like protein from Bacillus Subtilis at 1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d30 | ||||||
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Title | Structure of an expansin like protein from Bacillus Subtilis at 1.9A resolution | ||||||
Components | Expansin like protein | ||||||
Keywords | PEPTIDOGLYCAN-BINDING PROTEIN / BACILLUS SUBTILIS / EXPANSIN / peptidoglycan associated protein / UNKNOWN FUNCTION / MLTA / BACTERIA AUTOLYSIS | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Kerff, F. / Petrella, S. / Herman, R. / Sauvage, E. / Joris, B. / Charlier, P. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2008 Title: Crystal structure and activity of Bacillus subtilis YoaJ (EXLX1), a bacterial expansin that promotes root colonization. Authors: Kerff, F. / Amoroso, A. / Herman, R. / Sauvage, E. / Petrella, S. / Filee, P. / Charlier, P. / Joris, B. / Tabuchi, A. / Nikolaidis, N. / Cosgrove, D.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3d30.cif.gz | 61.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3d30.ent.gz | 45.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3d30.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d30 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2bh0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23096.322 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Strain: 168 / Gene: yoaJ, BSU18630 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3-pLys) / References: UniProt: O34918 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.36214 Å3/Da / Density % sol: 77.061401 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.4 Details: 4M Na formate, 0.1M NaAc, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.979782 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 8, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979782 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45.4 Å / Num. obs: 38981 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.9 % / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 16.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5607 / Rsym value: 0.0163 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2BH0 Resolution: 1.9→45.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.542 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→45.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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