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- PDB-3cz3: Crystal structure of Tomato Aspermy Virus 2b in complex with siRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cz3
タイトルCrystal structure of Tomato Aspermy Virus 2b in complex with siRNA
要素
  • Protein 2b
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*G)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / protein-dsRNA complex / Coiled coil (コイルドコイル) / Nucleus (Nucleus) / Suppressor of RNA silencing / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3800 / Cucumovirus protein 2B / Cucumovirus protein 2B / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Suppressor of silencing 2b
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato aspermy virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Ma, J.B. / Li, F. / Ding, S.W. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for siRNA Recognition by 2b, a Viral Suppressor of Non-Cell Autonomous RNA Silencing
著者: Ma, J.B. / Li, F. / Ding, S.W. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*G)-3')
G: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*A)-3')
H: RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*G)-3')
A: Protein 2b
B: Protein 2b
C: Protein 2b
D: Protein 2b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4868
ポリマ－57,4868
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18170 Å2
ΔGint-108.8 kcal/mol
Surface area24450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.900, 165.670, 35.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*A)-3')


分子量: 6077.673 Da / 分子数: 2 / 断片: ppi-1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6054.633 Da / 分子数: 2 / 断片: ppi-2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Protein 2b


分子量: 8305.397 Da / 分子数: 4 / 断片: Tav2b N69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tomato aspermy virus (ウイルス) / 遺伝子: RNA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q8UYT3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2ammonium sulfate11
3sodium acetate11
4PEG 400012
5ammonium sulfate12
6sodium acetate12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97907, 0.97927, 0.96411
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.97918
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年10月19日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年10月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979071
20.979271
30.964111
40.979181
Reflection冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 14.7 / 数: 103017 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.03 / D res high: 3.3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 16831 / % possible obs: 87.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.083098.110.0341.0277.4
5.637.0810010.0620.9887.6
4.925.6397.110.0561.0347
4.484.9286.110.0561.016.5
4.164.4883.110.0591.0696.3
3.914.1686.110.0781.0665.7
3.723.9191.110.0990.995.5
3.553.7284.610.1291.0425.1
3.423.5581.610.1621.0254.8
3.33.4268.210.171.0444.7
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 12056 / Num. obs: 10597 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 803 / Rsym value: 0.574 / Χ2: 1.081 / % possible all: 69.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.23→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 40.541 / SU ML: 0.681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.899 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 755 9.5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.231 7907 65 %-
all-12056 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.986 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 3240 0 0 5166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4672.6688205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7585218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46721.786112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.8815449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5061536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.23001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.491.51158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90721787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54635946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0514.56418
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.315 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.924 13 -
Rwork0.498 124 -
all-137 -
obs--16.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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