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- PDB-3cx9: Crystal Structure of Human serum albumin complexed with Myristic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cx9
タイトルCrystal Structure of Human serum albumin complexed with Myristic acid and lysophosphatidylethanolamine
要素Serum albumin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Human serum albumin / Lysophospholipids / Lysophosphatidylethanolamine / Fluorescence quenching (消光) / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Glycation (糖化反応) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipid-binding / Metal-binding / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPX / ミリスチン酸 / アルブミン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Guo, S. / Yang, F. / Chen, L. / Bian, C. / Huang, M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of transport of lysophospholipids by human serum albumin.
著者: Guo, S. / Shi, X. / Yang, F. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Bian, C. / Huang, M.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8677
ポリマ－66,2721
非ポリマー1,5956
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.888, 39.015, 95.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin /


分子量: 66271.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-608 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: human serum albumin / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% PEG 3350, 85mM potassium phosphate, 5mM sodium azide, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 2000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15244 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Num. unique all: 1095 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N5U

1n5u


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 41.451 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29527 813 5.1 %RANDOM
Rwork0.21949 ---
obs0.2234 15244 95.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20.58 Å2
2--2.15 Å20 Å2
3----3.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4493 0 98 0 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.986333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0493.0088049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3925581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72524.585205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.42915779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1191523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.23351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.22260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22546
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.53189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0911.51155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82324682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.431897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1744.51651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 56 -
Rwork0.32 1131 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4383-0.46380.16897.9638-0.36272.1980.0581-0.0927-0.50550.2380.0370.37320.5307-0.4771-0.0951-0.1793-0.0634-0.0260.0019-0.0052-0.1713-53.126-4.452-24.365
22.38711.3497-0.81993.308-1.99439.99080.13280.05630.1414-0.4338-0.1531-0.6339-0.36310.65210.0203-0.160.07020.1317-0.05220.0351-0.0123-33.6884.896-33.749
34.5923-1.09212.34281.2138-0.41123.85960.18210.048-0.0206-0.1463-0.1460.4429-0.3236-0.1573-0.0361-0.1285-0.02760.0332-0.0031-0.0595-0.1699-34.754.717-6.539
43.59020.0185-0.31922.7933-0.92886.18260.0285-0.74680.01070.3008-0.1018-0.4408-0.27910.66240.0733-0.2314-0.1628-0.05350.2431-0.0564-0.1855-16.0662.2186.892
54.1598-1.7288-2.62194.50452.82668.70360.13880.1224-0.0844-0.1087-0.20240.3118-0.3507-0.19280.0637-0.173-0.07140.01010.0923-0.0688-0.1588-10.474-2.312-20.615
68.3551-0.4264-0.12612.3091-0.12936.95410.22251.21390.4439-0.4785-0.11-0.1129-0.54180.5781-0.11250.0690.0051-0.00610.6018-0.0641-0.11270.612-5.457-41.385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 106
2X-RAY DIFFRACTION1A1002
3X-RAY DIFFRACTION2A107 - 197
4X-RAY DIFFRACTION3A198 - 292
5X-RAY DIFFRACTION4A293 - 385
6X-RAY DIFFRACTION4A1006
7X-RAY DIFFRACTION5A386 - 492
8X-RAY DIFFRACTION5A1003 - 1004
9X-RAY DIFFRACTION6A493 - 584
10X-RAY DIFFRACTION6A1005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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