+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cqn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Lipocalin domain of Violaxanthin de-epoxidase (VDE) at pH7 | ||||||
要素 | Violaxanthin de-epoxidase, chloroplastビオラキサンチンデエポキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Lipocalin / Enzyme (酵素) / de-epoxidase / Xanthophyll cycle (キサントフィル) / non photochemical quenching / NPQ / Violaxanthin (ビオラキサンチン) / Antheraxanthin / Zeaxanthin / pH dependant transition / Chloroplast (葉緑体) / Membrane (生体膜) / Thylakoid (チラコイド) / Transit peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ビオラキサンチンデエポキシダーゼ / キサントフィル / violaxanthin de-epoxidase activity / チラコイド / chlorophyll metabolic process / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / 葉緑体 / fatty acid metabolic process / response to heat ...ビオラキサンチンデエポキシダーゼ / キサントフィル / violaxanthin de-epoxidase activity / チラコイド / chlorophyll metabolic process / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid membrane / 葉緑体 / fatty acid metabolic process / response to heat / protein domain specific binding / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Pignol, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009 タイトル: A structural basis for the pH-dependent xanthophyll cycle in Arabidopsis thaliana. 著者: Arnoux, P. / Morosinotto, T. / Saga, G. / Bassi, R. / Pignol, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cqn.cif.gz | 81 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3cqn.ent.gz | 60.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqn | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 83 - 250 / Label seq-ID: 7 - 174
| ||||||||||||||||||
詳細 | biological unit is a monomer at pH7 and a dimer at pH5. There are two biological units in the asymmetric unit at pH7 (chain A and chain B) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21343.457 Da / 分子数: 2 / 断片: Lipocalin Domain (UNP residues 191-366) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: VDE1, AVDE1, NPQ1, VXDE / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q39249, EC: 1.10.99.3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG3350, MgNO3, Benzamidine HCl, pH 7, vapor diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 23574 / Num. obs: 23574 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6787 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 97.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AtVDE at pH5 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.915 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.02 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1278 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|