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- PDB-3co3: X-Ray Crystal Structure of a Monofunctional Platinum-DNA Adduct, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3co3
タイトルX-Ray Crystal Structure of a Monofunctional Platinum-DNA Adduct, cis-{Pt(NH3)2(pyridine)}2+ Bound to Deoxyguanosine in a Dodecamer Duplex
要素
  • 5'-D(*DCP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DC)-3'
  • 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DG)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / PLATINUM-DNA DUPLEX / CISPLATIN (シスプラチン) / MONOFUNCTIONAL PT COMPOUND
機能・相同性cis-diammine(pyridine)chloroplatinum(II) / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Lovejoy, K.S. / Todd, R.C. / Zhang, S. / McCormick, M.S. / D'Aquino, J.A. / Reardon, J.T. / Sancar, A. / Giacomini, K.M. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: cis-Diammine(pyridine)chloroplatinum(II), a monofunctional platinum(II) antitumor agent: Uptake, structure, function, and prospects.
著者: Lovejoy, K.S. / Todd, R.C. / Zhang, S. / McCormick, M.S. / D'Aquino, J.A. / Reardon, J.T. / Sancar, A. / Giacomini, K.M. / Lippard, S.J.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DCP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DC)-3'
B: 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6703
ポリマ－7,3272
非ポリマー3441
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.440, 66.010, 56.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DCP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DC)-3'


分子量: 3525.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DG)-3'


分子量: 3801.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-C7P / cis-diammine(pyridine)chloroplatinum(II)


分子量: 343.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11ClN3Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細C7P IS AN ANTITUMOR AGENT BOUND TO DG 7 A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 120 mM Mg(acetate), 50 mM Na cacodylate, 1 mM spermine, 28% w/v PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Mg(acetate)11
2Na cacodylate11
3spermineスペルミン11
4PEG400011
5H2O11
6Mg(acetate)12
7Na cacodylate12
8spermineスペルミン12
9PEG400012
10H2O12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.072
シンクロトロンSSRL BL9-220.984
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年4月4日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年7月5日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0721
20.9841
Reflection冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 23.2 / 数: 26784 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 7.54 / D res high: 2.72 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 4231 / % possible obs: 94.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.865095.610.0517.4767.2
4.655.8699.610.0586.2347.4
4.064.6510010.0685.6217.5
3.694.0610010.0866.5827.6
3.433.6999.810.10411.7477.4
3.223.4392.910.13118.2667
3.063.2299.810.1224.156
2.933.0694.310.1351.9645
2.822.9386.310.1391.4613.9
2.722.8273.610.1761.5373.1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. all: 4836 / Num. obs: 4765 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.17-2.256.80.5563670.65276
2.25-2.346.10.5764651.27697.9
2.34-2.447.20.2324970.645100
2.44-2.577.30.1754861.102100
2.57-2.737.20.1264901.054100
2.73-2.957.20.1094911.065100
2.95-3.247.20.1074851.03100
3.24-3.7170.0934841.0295.3
3.71-4.676.80.0944990.9998.6
4.67-506.30.1065011.02692.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.7233.19001887442
ANO_12.7233.193.83018390
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_17.96-33.19005845
ISO_15.71-7.960012550
ISO_14.68-5.710017249
ISO_14.07-4.680020252
ISO_13.64-4.070023151
ISO_13.33-3.640025844
ISO_13.08-3.330026854
ISO_12.89-3.080029745
ISO_12.72-2.890027652
ANO_17.96-33.198.3350550
ANO_15.71-7.966.43101250
ANO_14.68-5.714.66601720
ANO_14.07-4.683.54802020
ANO_13.64-4.072.81202310
ANO_13.33-3.642.29702570
ANO_13.08-3.331.81502670
ANO_12.89-3.081.42502860
ANO_12.72-2.890.99102440
Phasing MAD set siteCartn x: 17.103 Å / Cartn y: 4.064 Å / Cartn z: 7.169 Å / Atom type symbol: PT / B iso: 86.63 / Occupancy: 0.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→28.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.136 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 216 4.7 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.248 4836 --
obs0.227 4614 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→28.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 9 16 511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4353844
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3490.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1681.52
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8633792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3874.5844
LS精密化 シェル解像度: 2.162→2.218 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 12 -
Rwork0.443 274 -
all-286 -
obs--81.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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