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Yorodumi- PDB-3clz: The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methyl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3clz | ||||||
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Title | The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / CELL CYCLE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / DNA-BINDING / BASE FLIPPING / METAL BINDING / NUCLEASE / DNA REPLICATION / TRANSCRIPTIONAL SILENCING / CHROMATIN / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / UBL CONJUGATION / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC / ZINC-FINGER / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H3 ubiquitin ligase activity / H3K9me3 modified histone binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly ...histone H3 ubiquitin ligase activity / H3K9me3 modified histone binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / positive regulation of protein metabolic process / DNA methylation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / nuclear matrix / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleic acid binding / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2008 Title: Structural basis for recognition of hemi-methylated DNA by the SRA domain of human UHRF1. Authors: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Li, Y. / Duan, S. / Bronner, C. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3clz.cif.gz | 452.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3clz.ent.gz | 368.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3clz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3bi7SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23769.557 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SRA DOMAIN (UNP residues 414-617) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / Plasmid: PNIC-CH / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q96T88, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #2: DNA chain | Mass: 3743.444 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #3: DNA chain | Mass: 3600.331 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 61.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.96863 / Wavelength: 0.96863 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2008 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96863 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→40 Å / Num. all: 81560 / Num. obs: 81560 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 9.77 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Rsym value: 0.715 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3BI7 Resolution: 2.2→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 11.023 / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.178 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.141 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→38.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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