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- PDB-3cjx: Crystal structure of a protein of unknown function with a cupin-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjx
タイトルCrystal structure of a protein of unknown function with a cupin-like fold (reut_b4571) from ralstonia eutropha jmp134 at 2.60 A resolution
要素Protein of unknown function with a cupin-like fold
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein with a cupin-like fold and unknown function (YP_298765.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein of unknown function with a cupin-like fold
B: Protein of unknown function with a cupin-like fold
C: Protein of unknown function with a cupin-like fold
D: Protein of unknown function with a cupin-like fold
E: Protein of unknown function with a cupin-like fold
F: Protein of unknown function with a cupin-like fold
G: Protein of unknown function with a cupin-like fold
H: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,53531
ポリマ－147,6088
非ポリマー1,92723
水3,297183
1
A: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7314
ポリマ－18,4511
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7314
ポリマ－18,4511
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5472
ポリマ－18,4511
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7675
ポリマ－18,4511
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6754
ポリマ－18,4511
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5472
ポリマ－18,4511
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8596
ポリマ－18,4511
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6794
ポリマ－18,4511
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: Protein of unknown function with a cupin-like fold
B: Protein of unknown function with a cupin-like fold
C: Protein of unknown function with a cupin-like fold
D: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,77615
ポリマ－73,8044
非ポリマー97211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-85.7 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
10
E: Protein of unknown function with a cupin-like fold
F: Protein of unknown function with a cupin-like fold
G: Protein of unknown function with a cupin-like fold
H: Protein of unknown function with a cupin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,75916
ポリマ－73,8044
非ポリマー95512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-88.6 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
11


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24000 Å2
ΔGint-185.4 kcal/mol
Surface area47940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.210, 89.130, 212.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4

Dom-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ILEAA7 - 1684 - 165
2GLUBB11 - 1688 - 165
3GLUCC11 - 1688 - 165
4GLNDD10 - 1687 - 165
5THREE8 - 1685 - 165
6LYSFF12 - 1689 - 165
7LYSGG12 - 1689 - 165
8GLUHH11 - 1688 - 165
詳細AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY INDICATES THAT THE MONOMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質
Protein of unknown function with a cupin-like fold


分子量: 18450.947 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 5-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 生物種: Cupriavidus necator / 株: JMP134 / 遺伝子: YP_298765.1, Reut_B4571 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46SG3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 5-168 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: NANODROP, 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537, 0.9798, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日 / 詳細: KOHZU: Double crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97981
30.97961
反射解像度: 2.6→29.604 Å / Num. obs: 46886 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.514 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.56
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.690.3462.3134108230195.1
2.69-2.80.2732.9152169097199
2.8-2.930.2014150019007198.8
2.93-3.080.1435.6146478679199
3.08-3.270.17.9147198713198.7
3.27-3.520.06611.4148988821198.9
3.52-3.880.0514.7154509074198.7
3.88-4.430.03718.8148778778198.6
4.43-5.570.02922.9150168822198.3
5.57-29.6040.02524.9151128682194.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.604 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.138 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.825 / ESU R Free: 0.298
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ELECTRON DENSITIES BETWEEN RESIDUES 137 AND 132 IN THE B SUBUNIT WERE DISORDERED AND THESE RESIDUES WERE NOT MODELED. 5. SULFATE AND CHLORIDE IONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND GLYCEROL FROM THE CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2366 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 46841 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9688 0 109 183 9980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.94613857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.012315731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.57251271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66524.156450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46151415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.351525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.32002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.36484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.54850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.55169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.5609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1110.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1420.347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3310.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1320.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.09436414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.28732590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.764510087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.14284292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.431113764
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1743 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.370.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.320.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.380.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.290.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.430.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.320.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.370.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.310.5
1AMEDIUM THERMAL0.272
2BMEDIUM THERMAL0.252
3CMEDIUM THERMAL0.272
4DMEDIUM THERMAL0.22
5EMEDIUM THERMAL0.32
6FMEDIUM THERMAL0.232
7GMEDIUM THERMAL0.242
8HMEDIUM THERMAL0.232
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 181 -
Rwork0.279 3107 -
all-3288 -
obs--95.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99280.4098-0.68781.6199-0.72710.61190.015-0.09010.2207-0.11470.06190.2018-0.1174-0.0762-0.0769-0.0756-0.077-0.0393-0.0394-0.0286-0.08327.4982-39.993680.0175
22.91820.4305-1.79351.29110.23112.40320.0263-0.358-0.05640.2844-0.0221-0.33130.08730.2115-0.0042-0.0327-0.0665-0.0662-0.12880.0066-0.114719.9785-53.221793.053
31.17941.31280.22611.71790.75461.0292-0.08830.0550.1109-0.10950.0250.20320.0387-0.18830.0633-0.0996-0.08860.0132-0.08360.0107-0.095230.6506-22.068575.5995
42.7640.3065-0.92722.18550.32780.8380.0044-0.4241-0.24210.5208-0.13-0.03280.2810.04240.12560.1103-0.1129-0.03920.0389-0.0179-0.072136.0984-27.228197.6674
51.74840.3938-0.09771.50430.87531.4504-0.02440.1884-0.119-0.30180.0065-0.0276-0.09180.06740.018-0.0666-0.08370.0267-0.0536-0.0301-0.093276.329811.978559.0495
61.99550.4039-0.8711.66650.91811.7345-0.0537-0.2872-0.32650.37310.0801-0.28740.31280.2647-0.0264-0.011-0.079-0.0463-0.05170.006-0.047681.940311.066981.4979
71.51390.0845-0.30461.38420.94110.72680.0768-0.1312-0.10370.0844-0.0094-0.30830.03630.2313-0.0673-0.0606-0.0411-0.0052-0.10060.016-0.073759.276-8.098583.6921
81.47231.6424-0.66313.5335-0.70470.3587-0.15060.29710.2206-0.4540.26390.098-0.0438-0.0674-0.1133-0.0748-0.0437-0.0448-0.02070.0152-0.110348.35164.341266.631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1684 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 1688 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3CC11 - 1688 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4DD10 - 1687 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5EE8 - 1685 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6FF12 - 1689 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7GG12 - 1689 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8HH11 - 1688 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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