+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cey | ||||||
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Title | Crystal structure of L3MBTL2 | ||||||
Components | Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / MBT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger | ||||||
Function / homology | Function and homology information Transcriptional Regulation by E2F6 / methylated histone binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Nady, N. / Guo, Y. / Pan, P. / Allali-Hassani, A. / Qi, C. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. ...Nady, N. / Guo, Y. / Pan, P. / Allali-Hassani, A. / Qi, C. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Read, R. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2009 Title: Methylation-state-specific recognition of histones by the MBT repeat protein L3MBTL2. Authors: Guo, Y. / Nady, N. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Zhu, H. / Pan, P. / Adams-Cioaba, M.A. / Amaya, M.F. / Dong, A. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Read, R.J. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cey.cif.gz | 169.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3cey.ent.gz | 139.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cey.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cey | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54347.379 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 170-625 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: L3MBTL2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q969R5 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 10% PEG 3350, 0.1M NaAcetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2007 |
Radiation | Monochromator: si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→100 Å / Num. all: 47081 / Num. obs: 47081 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→35.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.955 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.078 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→35.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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