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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cdc | ||||||
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タイトル | kI O18/O8 N34I/Y87H immunoglobulin light chain variable domain | ||||||
要素 | Light Chain Amyloidogenic | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Greek key beta barrel / amyloid (アミロイド) / immunoglobulin (抗体) / light chain / variable domain (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Baden, E.M. / Randles, E.G. / Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural insights into the role of mutations in amyloidogenesis. 著者: Baden, E.M. / Randles, E.G. / Aboagye, A.K. / Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cdc.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cdc.ent.gz | 92.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cdc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11945.147 Da / 分子数: 2 / 変異: N34I,Y87H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: kI O18/O8 germline / プラスミド: pET12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: P01594*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE (UNIPROT) AT THE TIME OF ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE (UNIPROT) AT THE TIME OF DEPOSITION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 1.1 M sodium citrate in 0.1 M Tris buffer, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5241 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月16日 / 詳細: Osmic Varimax |
放射 | モノクロメーター: Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5241 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→34.52 Å / Num. all: 68443 / Num. obs: 64183 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 1.71 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 45.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q20 解像度: 1.53→34.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→34.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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