[日本語] English
万見
- PDB-3ccb: Crystal Structure of Human DPP4 in complex with a benzimidazole d... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ccb
タイトルCrystal Structure of Human DPP4 in complex with a benzimidazole derivative
要素Dipeptidyl peptidase 4DPP-4
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / structure-based design / denzimidazole derivatives / peptidase (プロテアーゼ) / Aminopeptidase / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Signal-anchor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / DPP-4 / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / DPP-4 / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / aminopeptidase activity / T cell costimulation / T細胞 / serine-type peptidase activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / virus receptor activity / lamellipodium / protease binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / response to hypoxia / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-biphenyl-2-ylmethanamine / DPP-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Wallace, M.B. / Skene, R.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Structure-based design and synthesis of benzimidazole derivatives as dipeptidyl peptidase IV inhibitors.
著者: Wallace, M.B. / Feng, J. / Zhang, Z. / Skene, R.J. / Shi, L. / Caster, C.L. / Kassel, D.B. / Xu, R. / Gwaltney, S.L.
履歴
登録2008年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,61325
ポリマ－343,1044
非ポリマー5,50921
水12,178676
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,96115
ポリマ－171,5522
非ポリマー3,40913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint30.3 kcal/mol
Surface area59110 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,65210
ポリマ－171,5522
非ポリマー2,1008
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area58410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.086, 123.010, 144.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / DPP-4 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103 / Adenosine deaminase ...Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103 / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADABP


分子量: 85775.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27487, DPP-4
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-B2Y / 1-biphenyl-2-ylmethanamine


分子量: 183.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 22.5% PEG 2000mme, 0.1M Bicine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 133909 / % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.590.531133340.979199.4
2.59-2.690.388134921.078199.6
2.69-2.820.284134131.017199.8
2.82-2.960.19135151.017199.7
2.96-3.150.125134151.064199.6
3.15-3.390.083134491.152199.5
3.39-3.730.061134271.26199.1
3.73-4.270.046133781.091198.7
4.27-5.380.037133541.008198.2
5.38-500.031131321.045195.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 2.49→32.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 17.781 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 6730 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 133885 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å21.05 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→32.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23752 0 364 676 24792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02224876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2391.94633856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.34452896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96423.9381224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.156153969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.02615118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.23602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.211711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.216940
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.21263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.025214778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.648323455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.962211811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.459310401
LS精密化 シェル解像度: 2.487→2.552 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 470 -
Rwork0.296 8663 -
all-9133 -
obs--90.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19380.2398-0.00870.74490.02740.8055-0.068-0.1708-0.25290.11380.0498-0.22980.00630.21780.0182-0.1330.0645-0.0085-0.16880.0461-0.133249.711-0.8619.105
21.5944-0.0126-0.25970.75270.15110.6754-0.1276-0.1466-0.2463-0.01480.08410.2237-0.0382-0.15840.0435-0.13070.04740.0332-0.1660.1193-0.1033-6.222-7.34320.997
31.97480.02670.39720.55660.14110.72040.10310.2450.1922-0.0608-0.0305-0.1567-0.08670.3577-0.0726-0.0783-0.060.0259-0.0835-0.0152-0.1785-36.059-0.5-33.366
41.2573-0.00640.11870.9001-0.3060.85520.0681-0.21330.07150.0834-0.1636-0.4139-0.00170.40760.0955-0.0282-0.0363-0.04620.02470.0543-0.0098-31.207-63.36946.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA - E41 - 80115 - 1
2X-RAY DIFFRACTION2BB - K36 - 80110 - 1
3X-RAY DIFFRACTION3CC - P41 - 80115 - 1
4X-RAY DIFFRACTION4DD - S41 - 80115 - 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る