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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c2h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SYS-1 at 2.6A resolution | ||||||
要素 | Sys-1 protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / SYS-1 / Caenorhabditis elegans (カエノラブディティス・エレガンス) / beta-catenin (Β-カテニン) / WNT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polarity specification of proximal/distal axis / gonad morphogenesis / positive regulation of mesodermal cell fate specification / mesodermal cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / gonad development / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / embryonic digestive tract development / embryo development ending in birth or egg hatching ...polarity specification of proximal/distal axis / gonad morphogenesis / positive regulation of mesodermal cell fate specification / mesodermal cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / gonad development / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / embryonic digestive tract development / embryo development ending in birth or egg hatching / female gonad development / 動原体 / Wntシグナル経路 / male gonad development / 細胞皮質 / scaffold protein binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008 タイトル: The C. elegans SYS-1 protein is a bona fide beta-catenin. 著者: Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005 タイトル: A beta-catenin identified by functional rather than sequence criteria and its role in Wnt/MAPK signaling. 著者: Miskowski, J. / Li, Y. / Kimble, J. #2: ジャーナル: Dev.Biol. / 年: 2001 タイトル: The sys-1 gene and sexual dimorphism during gonadogenesis in Caenorhabditis elegans. 著者: Kidd III, A.R. / Miskowski, J.A. / Siegfried, K.R. / Sawa, H. / Kimble, J. #3: ジャーナル: Genetics / 年: 2004 タイトル: The sys-1 and sys-3 genes cooperate with Wnt signaling to establish the proximal-distal axis of the Caenorhabditis elegans gonad. 著者: Phillips, B.T. / Kidd III, A.R. / King, R. / Hardin, J. / Kimble, J. #4: ジャーナル: Development / 年: 2007 タイトル: Binary cell fate specification during C. elegans embryogenesis driven by reiterated reciprocal asymmetry of TCF POP-1 and its coactivator beta-catenin SYS-1. 著者: Huang, S. / Shetty, P. / Robertson, S.M. / Lin, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c2h.cif.gz | 249 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c2h.ent.gz | 201 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c2h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70933.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Armadillor Domain (UNP residues 180 - 798) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sys-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XVI2 #2: 化合物 | ChemComp-FLC / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM Hepes, 0.6 M Na/K Tartrate, 20 mM Glycine and 5mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 70425 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.155 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Num. unique all: 6527 / Χ2: 1.033 / % possible all: 91.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.065 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.547 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3282 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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