+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c0n | ||||||
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Title | Crystal structure of the proaerolysin mutant Y221G at 2.2 A | ||||||
Components | Aerolysin | ||||||
Keywords | TOXIN / CYTOLYTIC TOXIN / PORE-FORMING TOXIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aeromonas hydrophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Pernot, L. / Schiltz, M. / Thurnheer, S. / Burr, S.E. / van der Goot, G. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2013 Title: Molecular assembly of the aerolysin pore reveals a swirling membrane-insertion mechanism. Authors: Degiacomi, M.T. / Iacovache, I. / Pernot, L. / Chami, M. / Kudryashev, M. / Stahlberg, H. / van der Goot, F.G. / Dal Peraro, M. #1: Journal: Nature / Year: 1994 Title: Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states. Authors: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P. / Tucker, A.D. / Leonard, K. / Pattus, F. / Tsernoglou, D. #2: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1990 Title: Crystallization of a proform of aerolysin, a hole-forming toxin from Aeromonas hydrophila. Authors: Tucker, A.D. / Parker, M.W. / Tsernoglou, D. / Buckley, J.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3c0n.cif.gz | 364.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3c0n.ent.gz | 300.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3c0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3c0mSC 3c0oC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51874.332 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y221G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aeromonas hydrophila (bacteria) / Gene: aerA / Plasmid: pMMB66EH / Production host: Aeromonas salmonicida (bacteria) / Strain (production host): CD3 / References: UniProt: P09167 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 9-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9536 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2006 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9536 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→64.82 Å / Num. all: 54407 / Num. obs: 54407 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 27.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 7.98 / Num. unique all: 142371 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3C0M Resolution: 2.2→64.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.076 / SU ML: 0.136 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.203 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.383 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→64.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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