ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB d*TREK8.0Lデータスケーリング Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.004 データ抽出 Show
精密化 解像度 : 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.958 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.956 / SU B : 4.207 / SU ML : 0.071 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.106 / ESU R Free : 0.1 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.217 433 4.6 % RANDOM Rwork 0.196 - - - obs 0.197 9419 92.5 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 41.328 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.91 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.91 Å2 0 Å2 3- - - 1.82 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.7→25 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 514 0 0 81 595
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.022 539 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.4 1.977 736 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.427 5 65 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.783 26.333 30 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.062 15 82 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg13.402 15 1 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.093 0.2 75 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.021 437 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.724 1.5 326 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.29 2 527 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.142 3 213 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.533 4.5 209
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.29 25 - Rwork 0.299 637 - all - 662 - obs - - 89.95 %
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 26.721 Å / Origin y : 13.262 Å / Origin z : 4.591 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T -0.1788 Å2 0.0132 Å2 -0.0006 Å2 - -0.1795 Å2 -0.0022 Å2 - - -0.2064 Å2 L 3.6482 °2 -1.1872 °2 1.2769 °2 - 3.0647 °2 -1.087 °2 - - 4.2674 °2 S 0.022 Å ° 0.0152 Å ° 0.092 Å ° 0.0414 Å ° -0.0077 Å ° -0.1264 Å ° -0.0487 Å ° 0.1627 Å ° -0.0143 Å °