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万見
- PDB-3bwt: Crystal structure of the RNA binding domain of Puf4 from Saccharo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwt
タイトルCrystal structure of the RNA binding domain of Puf4 from Saccharomyces cerevisiae
要素Protein PUF4
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Puf4 (四フッ化プルトニウム) / Pumilio / RNA Binding (リボ核酸) / HO endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / protein localization / negative regulation of translation / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pumilio homology domain family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Miller, M.T. / Higgin, J.J. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Basis of altered RNA-binding specificity by PUF proteins revealed by crystal structures of yeast Puf4p
著者: Miller, M.T. / Higgin, J.J. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PUF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7651
ポリマ－37,7651
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.188, 137.657, 137.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein PUF4


分子量: 37765.414 Da / 分子数: 1 / 断片: Single Stranded RNA Binding Domin / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25339
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM Na cacodylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月31日
放射モノクロメーター: varimax hf / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→31.2 Å / Num. all: 15038 / Num. obs: 14317 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→31.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 721 5 %Random
Rwork0.2 ---
all0.201 14317 --
obs0.201 14317 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→31.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 0 55 2704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008273.555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.062866.476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.222527.156
X-RAY DIFFRACTIONf_planar_d0.00459.397
X-RAY DIFFRACTIONf_planar_tor18.771542.074
X-RAY DIFFRACTIONf_hb_or_metal_coord4.108414.307
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 20 -
Rwork0.24 --
obs-402 76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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