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Yorodumi- PDB-3bt4: Crystal Structure Analysis of AmFPI-1, fungal protease inhibitor ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bt4 | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of AmFPI-1, fungal protease inhibitor from Antheraea mylitta | ||||||
Components | Fungal protease inhibitor-1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE INHIBITOR / Protease Inhibitor / Silkworm / Serine protease inhibitor | ||||||
Function / homology | Lipase, subunit A - #20 / Fungal protease inhibitor-1 / Fungal protease inhibitor / Lipase, subunit A / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Ribbon / Mainly Beta / Fungal protease inhibitor-1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Antheraea mylitta (butterflies/moths) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SIRAS / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Roy, S. / Aravind, P. / Madhurantakam, C. / Ghosh, A.K. / Sankarananarayanan, R. / Das, A.K. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2009 Title: Crystal structure of a fungal protease inhibitor from Antheraea mylitta Authors: Roy, S. / Aravind, P. / Madhurantakam, C. / Ghosh, A.K. / Sankaranarayanan, R. / Das, A.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bt4.cif.gz | 27.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bt4.ent.gz | 20 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bt4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3bt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3bt4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9294.841 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Hemolymph / Source: (natural) Antheraea mylitta (butterflies/moths) / References: UniProt: B0JFB8 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.26 % / Mosaicity: 1.5 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Ammonium sulfate, bis-Tris, PEG3350, pH6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: mar345 dtb / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 1, 2006 / Details: Osmic mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 13.8 % / Av σ(I) over netI: 7.7 / Number: 55028 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.4 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 3996 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.1→25 Å / Num. obs: 5816 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 10.435 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.4 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 544 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.1→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 6.461 / SU ML: 0.168 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.228 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.168 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→24.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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