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- PDB-3bt2: Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bt2
タイトルStructure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex
要素
  • (anti-uPAR antibody, ...) x 2
  • Urokinase plasminogen activator surface receptorUrokinase receptor
  • Urokinase-type plasminogen activatorウロキナーゼ
  • Vitronectinビトロネクチン
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / Glycoprotein (糖タンパク質) / GPI-anchor (グリコシルホスファチジルイノシトール) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Receptor / Secreted (分泌) / Blood coagulation (凝固・線溶系) / EGF-like domain (EGF様ドメイン) / Fibrinolysis / Hydrolase (加水分解酵素) / Kringle / Phosphoprotein / Plasminogen activation / Protease (プロテアーゼ) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体) / Cell adhesion (細胞接着) / Heparin-binding / Sulfation / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / rough endoplasmic reticulum lumen / smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / rough endoplasmic reticulum lumen / smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / ウロキナーゼ / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / scavenger receptor activity / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / negative regulation of endopeptidase activity / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of proteolysis / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of cell-substrate adhesion / Molecules associated with elastic fibres / smooth muscle cell migration / cell adhesion mediated by integrin / extracellular matrix structural constituent / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Syndecan interactions / polysaccharide binding / extrinsic component of membrane / positive regulation of wound healing / plasminogen activation / positive regulation of smooth muscle cell migration / oligodendrocyte differentiation / endodermal cell differentiation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / protein polymerization / 基底膜 / ECM proteoglycans / positive regulation of DNA binding / Integrin cell surface interactions / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / specific granule membrane / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / collagen binding / extracellular matrix organization / cell-matrix adhesion / cell projection / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / Golgi lumen / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / 走化性 / 遊走 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / 凝固・線溶系 / integrin binding / positive regulation of protein binding / signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell population proliferation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / response to hypoxia / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 細胞膜 / 小胞体 / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / ヘモペキシン / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Snake toxin-like superfamily / ラミニン / ラミニン / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / リボン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ウロキナーゼ / ビトロネクチン / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of two human vitronectin, urokinase and urokinase receptor complexes
著者: Huai, Q. / Zhou, A. / Lin, L. / Mazar, A.P. / Parry, G.C. / Callahan, J. / Shaw, D.E. / Furie, B. / Furie, B.C. / Huang, M.
履歴
登録2007年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
B: Vitronectin
L: anti-uPAR antibody, light chain
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9158
ポリマ－97,8455
非ポリマー1,0703
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Urokinase-type plasminogen activator
L: anti-uPAR antibody, light chain
H: anti-uPAR antibody, heavy chain
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3427
ポリマ－93,2724
非ポリマー1,0703
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area38680 Å2
手法PISA
3
B: Vitronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5731
ポリマ－4,5731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.096, 87.205, 124.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AU

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / ウロキナーゼ / uPA / U-plasminogen activator


分子量: 15359.318 Da / 分子数: 1
断片: urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pMT/Bip / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00749
#5: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / Urokinase receptor / uPAR / U-PAR / Monocyte activation antigen Mo3 / CD87 antigen


分子量: 31601.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAUR, MO3, UPAR / プラスミド: pMT/Bip
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 cells / 参照: UniProt: Q03405

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 anti-uPAR antibody, light chain


分子量: 23269.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment, light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 anti-uPAR antibody, heavy chain


分子量: 23041.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment, heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 58分子 B

#2: タンパク質・ペプチド Vitronectin / ビトロネクチン / Serum-spreading factor / S-protein / V75


分子量: 4573.103 Da / 分子数: 1 / 断片: sometomedin-B domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04004
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 3分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

配列の詳細THIS COORDINATES IN CHAINS L AND H ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. IT IS DUE TO KABAT-WU ...THIS COORDINATES IN CHAINS L AND H ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. IT IS DUE TO KABAT-WU NUMBERING, WHICH IS TYPICAL FOR ANTIBODY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5
詳細: 8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11
シンクロトロンNSLS X12C21
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38381 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3675 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2fd6

2fd6


解像度: 2.5→42.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 28.105 / SU ML: 0.316 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 1191 3.1 %RANDOM
Rwork0.22862 ---
obs0.22993 37032 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.7 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6527 0 70 57 6654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0216782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.959213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.113.0111097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8485835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00124.403293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.315151097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.281531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.24541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.23036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.23667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.4170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1840.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0391.55317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1661.51721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26426778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00133050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9264.52435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 81 -
Rwork0.267 2593 -
obs--94.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.7256-0.4411-4.695926.5061-3.43397.8644-0.77671.8843-0.772-1.96150.3062-3.74082.56481.00520.47050.43890.1835-0.01990.88-0.10260.222754.035-46.90642.143
29.8112-1.2009-1.65178.70125.11444.67450.51810.24170.89-0.367-0.3248-1.2106-0.68660.8789-0.19340.0711-0.0007-0.00290.0780.4202-0.284151.284-40.54178.763
36.14472.01340.34475.9408-2.66436.0103-0.091-0.1513-0.19660.19040.0273-0.0426-0.06070.20140.0637-0.03820.0749-0.113-0.19340.2814-0.551732.485-38.1460.387
40.71950.02870.33081.7667-1.42492.1140.0931-0.07070.15540.1367-0.2159-0.01530.01240.22260.1228-0.4237-0.02470.0117-0.3873-0.0373-0.444318.81-7.06718.951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 411 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2AA41 - 13243 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3UE1 - 803 - 82
4X-RAY DIFFRACTION3AA9 - 4011 - 42
5X-RAY DIFFRACTION4LC1 - 2121 - 211
6X-RAY DIFFRACTION4HD1 - 2081 - 213
7X-RAY DIFFRACTION4UE87 - 18589 - 187
8X-RAY DIFFRACTION4UE186 - 275188 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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