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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bse | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of a 16-base-pair B-DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / DM domain / DNA structure (核酸構造) / Doublesex / Protein-DNA recognition (DNA結合ドメイン) / sex determination | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Narayana, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystallographic Analysis of a Sex-Specific Enhancer Element: Sequence-Dependent DNA Structure, Hydration, and Dynamics 著者: Narayana, N. / Weiss, M.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of B-DNA reveal sequence-specific binding and groove-specific bending of DNA by magnesium and calcium. Erratum in: J Mol Biol 303, 111 (2000). 著者: Chiu, T.K. / Dickerson, R.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Atomic-resolution crystal structures of B-DNA reveal specific influences of divalent metal ions on conformation and packing 著者: Minasov, G. / Tereshko, V. / Egli, M. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Structure of d(CGCGAATTCGCG) in the presence of Ca2+ ions 著者: Liu, J. / Subirana, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bse.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bse.ent.gz | 23.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/3bse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/3bse | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5483.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5545.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Hanging drop: 0.25mM DNA duplex, 5mM CaCl2, 0.2M KCl, 5% PEG10K, 5% MPD and 50mM Tris-HCl pH 8.0 Reservoir: 10% PEG10K, 10% MPD and 100mM Bicine pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→8 Å / Num. all: 11813 / Num. obs: 11667 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 4 / Rsym value: 0.035 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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