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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bpz | ||||||
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タイトル | HCN2-I 443-460 E502K in the presence of cAMP | ||||||
要素 | Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CNBD / C-LINKER / PACEMAKER (心臓ペースメーカー) / HCN / HCN2 / CHANNEL / CYCLIC NUCLEOTIDE / CAP / PKA / cAMP (CAMP) / ION CHANNEL (イオンチャネル) / LIGAND (リガンド) / cAMP-binding / Glycoprotein (糖タンパク質) / Ion transport / Ionic channel (イオンチャネル) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Potassium (カリウム) / Potassium channel (カリウムチャネル) / Potassium transport / Sodium (ナトリウム) / Sodium channel (ナトリウムチャネル) / Sodium transport / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / Voltage-gated channel (電位依存性イオンチャネル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HCN channels / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / regulation of membrane depolarization / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / sodium ion transmembrane transport ...HCN channels / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / regulation of membrane depolarization / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / somatodendritic compartment / dendrite membrane / dendritic shaft / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / molecular adaptor activity / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / protein-containing complex binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Craven, K.B. / Olivier, N.B. / Zagotta, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: C-terminal movement during gating in cyclic nucleotide-modulated channels. 著者: Craven, K.B. / Olivier, N.B. / Zagotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bpz.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bpz.ent.gz | 147.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1q43S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23628.146 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand biding domain (residues 443-640) / 変異: E502K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hcn2, Bcng2, Hac1 / プラスミド: pETGQ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88703 #2: 化合物 | ChemComp-CMP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: PEG 400, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, DTT, HEPES, 5 mM CAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月10日 詳細: The X26C beamline optics consist of a channel-cut Si(111) crystal monochromator followed by a doubly focusing toroidal mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Channel-cut Si(111) monochromator followed by a doubly focusing toroidal mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 133824 / Num. obs: 132486 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1Q43 WITHOUT LIGAND OR E502 SIDE-CHAIN 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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