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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bp1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF from Vibrio cholerae O1 biovar eltor | ||||||
要素 | NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha-beta structure / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: High-resolution structure of the nitrile reductase QueF combined with molecular simulations provide insight into enzyme mechanism. 著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Morales, J. / Cunningham, M.A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CLOSEST SEQUENCE MATCH FOR THIS ENTRY IS AN UNIPROT ENTRY A6Y463_VIBCH, OF THE VIBRIO ... SEQUENCE THE CLOSEST SEQUENCE MATCH FOR THIS ENTRY IS AN UNIPROT ENTRY A6Y463_VIBCH, OF THE VIBRIO CHOLERAE RC385 STRAIN. AUTHORS STATE THAT THE SOURCE OF THEIR PROTEIN IS VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STRAIN N16961, NCBI ACCESSION AAF94064, GI:9655358. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bp1.cif.gz | 498 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bp1.ent.gz | 430 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bp1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33315.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌) 生物種: Vibrio choleraeコレラ菌 / 株: El Tor Inaba N16961 / Serotype O1 / 遺伝子: queF, VC_0902 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A6Y463, UniProt: Q9KTK0*PLUS, PreQ1シンターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1191分子
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GUN / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.04M Sodium dihydrogen phosphate, 0.96M Di-potassium hydrogen phosphate, GTP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月29日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 149957 / Num. obs: 149957 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 12259 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 76.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→26.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.773 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.079 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: Program PHENIX has also been used in refinement
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.199 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→26.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
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