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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bk1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of RNase J | ||||||
![]() | Metal dependent hydrolase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de la Sierra-Gallay, I.L. / Zig, L. / Putzer, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the dual activity of RNase J 著者: de la Sierra-Gallay, I.L. / Zig, L. / Jamalli, A. / Putzer, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63305.957 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-573 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HB27 / 遺伝子: TTC0775 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2-4% PEG 4K, 0.02M ammonium sulfate, 0.1M Na-MES, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311) and Toroidal mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.33→59 Å / Num. obs: 28236 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.4 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 10.22 / Num. unique all: 2122 / % possible all: 88.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.29 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→53.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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