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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bjo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal domain of a possible ATP-binding protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 | ||||||
要素 | Uncharacterized ATP-binding protein MJ1010 | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / APC87992.1 / Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of the C-terminal domain of a possible ATP-binding protein from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661. 著者: Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bjo.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bjo.ent.gz | 23.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the biological unit of this polypeptide is experimentally unknown. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12172.328 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain: Residues 278-377 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 生物種: Methanocaldococcus jannaschiiメタノカルドコックス・ヤンナスキイ 株: DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 / 遺伝子: MJ1010 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q58416 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.4M Magnesium formate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→34.71 Å / Num. all: 10377 / Num. obs: 10377 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 37.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 632 / % possible all: 88.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.962 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.561 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.562 Å / Origin y: -13.894 Å / Origin z: -18.814 Å
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