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- PDB-3bge: Crystal structure of the C-terminal fragment of AAA+ATPase from H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bge
タイトルCrystal structure of the C-terminal fragment of AAA+ATPase from Haemophilus influenzae
要素Predicted ATPase
キーワードNUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / structural genomics (構造ゲノミクス) / Predicted AAA+ATPase C-terminal fragment / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / ATP-binding / Helicase (ヘリカーゼ) / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / DNA複製 / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
post-AAA+ oligomerization domain-like / DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain / MgsA AAA+ ATPase C-terminal / AAA C-terminal domain / MgsA AAA+ ATPase C terminal / AAA C-terminal domain / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...post-AAA+ oligomerization domain-like / DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain / MgsA AAA+ ATPase C-terminal / AAA C-terminal domain / MgsA AAA+ ATPase C terminal / AAA C-terminal domain / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated recombination protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Meyer, A.J. / Toro, R. / Freeman, J. / Adams, J. / Koss, J. / Maletic, M. / Gheyi, T. ...Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Meyer, A.J. / Toro, R. / Freeman, J. / Adams, J. / Koss, J. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal fragment of AAA+ATPase from Haemophilus influenzae.
著者: Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Meyer, A.J. / Toro, R. / Freeman, J. / Adams, J. / Koss, J. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted ATPase
B: Predicted ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6375
ポリマ－45,3492
非ポリマー2883
水3,963220
1
A: Predicted ATPase
B: Predicted ATPase
ヘテロ分子

A: Predicted ATPase
B: Predicted ATPase
ヘテロ分子

A: Predicted ATPase
B: Predicted ATPase
ヘテロ分子

A: Predicted ATPase
B: Predicted ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,54820
ポリマ－181,3958
非ポリマー1,15312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area39440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.085, 93.085, 83.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Predicted ATPase


分子量: 22674.354 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain: Residues 251-440 / 変異: A340S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: NTHI1458 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QL22
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M tri-Sodium citrate pH 5.6, 2M Ammonium sulfate, 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 31-ID10.9793
シンクロトロンNSLS X29A20.9793
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年8月20日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年8月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→23.12 Å / Num. all: 30371 / Num. obs: 30371 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.644 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7540 / Rsym value: 0.38 / Χ2: 0.578 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB entry 2R9G

2r9g


解像度: 1.85→23.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.81 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1468 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 29276 --
obs0.189 29276 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→23.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2578 0 15 220 2813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9713685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3095338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24923.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63915431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1241525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.31257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.51879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.5324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.3164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8351.51691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69622667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.59731147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.624.51012
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.542 75 -
Rwork0.449 1427 -
all-1502 -
obs--67.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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