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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b9m | ||||||
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タイトル | Human serum albumin complexed with myristate, 3'-azido-3'-deoxythymidine (AZT) and salicylic acid | ||||||
![]() | Serum albumin![]() | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / protein-ligands complex / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to calcium ion starvation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, L. / Yang, F. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Huang, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new drug binding subsite on human serum albumin and drug-drug interaction studied by X-ray crystallography 著者: Zhu, L. / Yang, F. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Huang, M. #1: ![]() タイトル: Structural basis of the drug-binding specificity of human serum albumin 著者: Ghuman, J. / Zunszain, P.A. / Petitpas, I. / Bhattacharya, A.A. / Otagiri, M. / Curry, S. #2: ![]() タイトル: Effect of human serum albumin on drug metabolism: structural evidence of esterase activity of human serum albumin 著者: Yang, F. / Bian, C. / Zhu, L. / Zhao, G. / Huang, Z. / Huang, M. #3: ![]() タイトル: Atomic structure and chemistry of human serum albumin 著者: He, X.M. / Carter, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MYR / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-AZZ / | ![]() #4: 化合物 | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 32%(w/v) polyethylene glycol 3350, 50mM potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2006年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→55 Å / Num. all: 15958 / Num. obs: 15958 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E7G 解像度: 2.7→46.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2355803 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.618 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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