PDB-3b96: Structural Basis for Substrate Fatty-Acyl Chain Specificity: Crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b96

タイトル

Structural Basis for Substrate Fatty-Acyl Chain Specificity: Crystal Structure of Human Very-Long-Chain Acyl-CoA Dehydrogenase

要素

Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

acyl-CoA (アシルCoA) / fatty acid beta-oxidation /

dehydrogenase (脱水素酵素) / very long chain /

mitochondria (ミトコンドリア) /

membrane (生体膜) /

Acetylation (アセチル化) /

Alternative splicing (選択的スプライシング) /

Cardiomyopathy (心筋症) / Disease mutation / FAD /

Fatty acid metabolism /

Flavoprotein (フラボタンパク質) /

Lipid metabolism (脂質代謝) /

Mitochondrion (ミトコンドリア) / Polymorphism / Transit peptide / Ubl conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

energy derivation by oxidation of organic compounds /

very-long-chain acyl-CoA dehydrogenase / very-long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / Beta oxidation of palmitoyl-CoA to myristoyl-CoA / negative regulation of fatty acid oxidation / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase /

acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty-acyl-CoA binding / negative regulation of fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

McAndrew, R.P. / Wang, Y. / Mohsen, A.W. / He, M. / Vockley, J. / Kim, J.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for substrate fatty acyl chain specificity: crystal structure of human very-long-chain acyl-CoA dehydrogenase.
著者: McAndrew, R.P. / Wang, Y. / Mohsen, A.W. / He, M. / Vockley, J. / Kim, J.J.

履歴

登録	2007年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b96.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b96.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b96	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6lq2-d 6ksa-d 6ks9-d 1dce-1 1zmd-3 21903 6n7f-1 6lq5-d 5kil-1 1mo9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

65.2 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.616, 107.879, 149.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Very long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / VLCAD 分子量: 63459.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACADVL, VLCAD / プラスミド: pET-21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P49748, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 17.6% PEG 2000, 0.047 M MgCl2, 5% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
回転陽極			1	1.5419
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.0083
シンクロトロン	APS	5ID-B	3	1.1405

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2006年5月14日
	2	CCD	2006年5月14日
	3	CCD	2006年5月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Ni Filter	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5419	1
2	1.0083	1
3	1.1405	1

Reflection

冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 7.8 / 数: 224137 / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.6 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41854 / % possible obs: 94.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.2	50	99.9	1	0.049	1.84	6.2
3.33	4.2	100	1	0.068	1.945	6.4
2.91	3.33	100	1	0.078	1.078	6.2
2.65	2.91	99.8	1	0.126	1.256	6
2.46	2.65	99.8	1	0.17	0.948	5.8
2.31	2.46	99.3	1	0.225	0.875	5.6
2.2	2.31	99	1	0.323	1.979	5.3
2.1	2.2	97	1	0.408	0.884	4.6
2.02	2.1	85.7	1	0.571	5.948	3.5
1.95	2.02	59.9	1	0.528	0.797	2.4

反射

解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 46776 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 2.306 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.91-1.98	6.7	0.532	4630	1.534	98.4
1.98-2.06	6.9	0.373	4523	1.688	97.4
2.06-2.15	7	0.289	4547	1.856	97.2
2.15-2.26	7.1	0.217	4591	2.064	97.2
2.26-2.41	7.2	0.169	4615	2.225	98.7
2.41-2.59	7.5	0.135	4686	2.244	99.6
2.59-2.85	7.9	0.101	4719	2.373	99.9
2.85-3.27	8.4	0.075	4752	2.563	100
3.27-4.11	8.6	0.051	4769	2.857	100
4.11-50	8.3	0.042	4944	3.1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 46739

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.99-100	25.9	0.871	501
6.78-8.99	19	0.928	638
5.67-6.78	26.3	0.906	782
4.97-5.67	21.2	0.914	896
4.48-4.97	18.5	0.924	1018
4.11-4.48	15.2	0.938	1097
3.82-4.11	15.7	0.92	1186
3.58-3.82	14.4	0.932	1269
3.39-3.58	16.7	0.923	1335
3.22-3.39	19.7	0.901	1410
3.07-3.22	24.4	0.883	1484
2.94-3.07	56.6	0.809	1529
2.83-2.94	92.7	0.736	1588
2.73-2.83	90.6	0.703	1652
2.64-2.73	91	0.733	1713
2.56-2.64	89	0.716	1781
2.48-2.56	89.6	0.739	1823
2.41-2.48	92.3	0.681	1858
2.35-2.41	90.9	0.705	1890
2.29-2.35	90.5	0.704	1974
2.24-2.29	90.1	0.735	1946
2.19-2.24	88.1	0.698	2016
2.14-2.19	89.2	0.733	2068
2.1-2.14	91.1	0.714	2075
2.05-2.1	91.4	0.722	2150
2.01-2.05	88.6	0.679	2181
1.98-2.01	90.4	0.682	2211
1.94-1.98	90.1	0.638	2307
1.91-1.94	91.4	0.621	2361

Phasing MIR der

ID	Der set-ID
1	1
2	1

Phasing MIR der site

ID	Der-ID	B_iso (Å)	Atom type symbol	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	1	35.4654	Hg	0.8871	0.2179	0.1109	0.2056
1	2	60	Hg	0.501	0.058	0.0756	0.0593
2	1	60	Os	0.6627	0.1792	0.0325	0.3294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.05	位相決定
直接法	4.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.91→30.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.004 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2371	5.1 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.162	46738	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→30.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4225	0	76	441	4742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.983	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.034	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.3	24.413	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.295	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.36	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.728	1.5	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.221	2	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.019	3	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.717	4.5	1541

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.957 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	165	-
R_work	0.234	3122	-
all	-	3287	-
obs	-	-	95.83 %

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