PDB-3b8g: Crysta structure of N-acetylglutamate synthase from Neisseria gon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b8g

タイトル

Crysta structure of N-acetylglutamate synthase from Neisseria gonorrhoeae complexed with coenzyme A and N-acetyl-glutamate

要素

Putative acetylglutamate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Protein-CoA-NAG ternary complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / methione N-acyltransferase activity /

amino-acid N-acetyltransferase / arginine biosynthetic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Shi, D. / Sagar, V. / Jin, Z. / Yu, X. / Caldovic, L. / Morizono, H. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of N-acetyl-L-glutamate synthase from Neisseria gonorrhoeae provides insights into mechanisms of catalysis and regulation.
著者: Shi, D. / Sagar, V. / Jin, Z. / Yu, X. / Caldovic, L. / Morizono, H. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

履歴

登録	2007年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b8g.cif.gz	102.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b8g.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r8vSC 2r98C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i49-1 3d2m-1 2r8v-1 2r98-1 6crq-d 5778 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative acetylglutamate synthase

ヘテロ分子

50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative acetylglutamate synthase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
301 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	4_666	-y+1,-x+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	6_556	x,x-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_656	-x+y+1,y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.650, 98.650, 89.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	149
Space group name H-M	P312

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-472- HOH

#1: タンパク質	Putative acetylglutamate synthase 分子量: 49235.492 Da / 分子数: 1 / 変異: V312I, D336N and P427S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC53420 / 遺伝子: argA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5FAK7, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-NLG / N-ACETYL-L-GLUTAMATE / N-アセチルグルタミン酸 / N-アセチルグルタミン酸分子量: 189.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 6% PEG3350, 100mM CsCl, 100 mM sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: YALE MIrrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 15619 / Num. obs: 15494 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
CNS	1.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R8V

2r8v

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 26.874 / SU ML: 0.289 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.967 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28239	773	5 %	RANDOM
R_work	0.19998	-	-	-
obs	0.20392	14685	98.91 %	-
all	-	15494	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.52 Å	0.4 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.51 Å	0.44 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3227	0	61	127	3415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.407	1.977	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.554	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.47	22.763	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.069	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.803	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.163	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.024	0.02	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.317	0.3	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.35	0.5	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.351	0.3	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.316	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.545	1.5	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.986	2	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.862	3	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.848	4.5	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.596→2.663 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	57	-
R_work	0.381	1042	-
obs	-	-	95.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.6166	1.5136	-11.066	0.2158	-1.5777	11.5344	-0.5783	0.6951	-0.2904	-0.3113	0.5401	-0.0479	0.4732	-1.1056	0.0382	0.0962	-0.0731	-0.1059	0.1426	0.0398	0.2154	19.681	6.7585	41.9244
2	3.7128	-0.584	0.7016	3.177	-0.4009	1.6516	0.1198	-0.1173	0.0012	0.0158	-0.0375	0.3811	0.0937	-0.076	-0.0823	0.1803	-0.0241	-0.0312	0.1385	0.0437	0.1585	18.7953	28.9573	38.9691
3	14.5532	8.4833	-1.9604	7.5569	-0.557	0.3954	-0.363	0.4685	1.4993	-0.3331	-0.3757	0.6275	0.6183	-1.7258	0.7387	0.1511	0.1219	-0.1564	-0.0029	0.275	0.5166	5.2647	48.2812	29.1165
4	2.0147	0.5995	-0.5512	4.3819	-2.9294	3.8049	0.0708	0.1129	0.3094	-0.0818	0.2195	0.5247	-0.0225	0.1235	-0.2903	0.0989	0.0069	-0.0449	0.0815	0.0625	0.2801	15.2679	44.3478	40.1553
5	2.1143	-1.5689	2.1463	3.1991	-3.9221	6.5569	0.1824	0.0587	0.2049	-0.2953	0.0568	0.5027	0.3102	-0.0124	-0.2392	0.1409	0.0079	-0.0323	0.0363	0.0519	0.2158	22.0616	45.0044	31.2423
6	1.5876	-0.2241	0.2022	1.3264	0.1379	1.475	0.1301	0.2841	0.0337	-0.1611	-0.1132	0.0812	0.0099	-0.0588	-0.0169	0.141	0.0243	-0.0517	0.1422	0.0463	0.1121	21.3669	33.015	28.185
7	3.2649	-0.851	-4.0797	3.4332	-1.2791	7.1508	0.4131	0.0428	0.0454	-0.2307	-0.1237	0.3033	-0.1272	0.1277	-0.2894	0.1879	0.0446	-0.1294	0.1726	-0.0331	0.1509	17.1935	27.3106	25.4662
8	1.2591	-1.4789	-2.6451	3.2131	3.7663	5.8513	0.0626	0.0724	0.0178	-0.295	0.0546	-0.1456	-0.4018	-0.2792	-0.1171	0.0861	-0.0509	-0.067	0.1441	-0.0188	0.0928	26.2706	13.4533	15.0213
9	0.841	0.5823	1.4015	2.4438	-0.9702	4.1808	-0.1966	0.4087	0.2021	-0.3383	0.1541	-0.3714	-0.1573	0.3463	0.0425	0.1728	-0.0824	0.1491	0.074	-0.1209	0.1475	37.2272	1.1502	1.3912
10	2.0015	0.2572	0.8231	3.9321	0.2055	2.4356	0.0834	-0.3786	0.0981	0.0813	0.0586	0.0001	0.0599	-0.318	-0.142	0.1368	-0.0646	0.0848	0.2468	-0.1057	0.0703	29.9568	-4.6989	12.4817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 17	25 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	18 - 68	38 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	69 - 83	89 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	84 - 111	104 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	112 - 148	132 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	149 - 236	169 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	237 - 266	257 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	267 - 303	287 - 323
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	304 - 347	324 - 367
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	348 - 436	368 - 456

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	nlg.param	nlg.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water_rep.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	COA.param	COA.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)